Supplementary Figure 1

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1 Supplementary Figure 1 Suppl. Fig. 1 Time calibrated phylogenetic trees with annotated biogeographical range estimates used to infer dispersal events between the n subcontinent and mainland. The 37 phylogenies are shown once with the best range estimate and once with the relative probability for the respective areas/ranges; annotated with the model used (DEC or DEC+j), the maximum number of areas allowed within a range, the resulting extinction rate (e), dispersal rate (d), founder-event weight (j), and the log likelihood (lnl). 1

2 Crypteroniacae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=0; e=0; j=0.0635; LnL= er er Macrocentrum_cristatum er er er er Meriania_macrophylla er er er er Miconia_donaeana er er er er er er Clidemia_petiolaris er er Bertolonia_marmorata er er Melastoma_beccarianum er er Tibouchina_urvilleana er er er er er er Rhexia_virginica Pternandra_caerulescens Pternandra_echinata Memecylon_durum Memecylon_edule Crypteronia_glabrifolia Crypteronia_griffithii Crypteronia_borneensis Crypteronia_paniculata Axinandra_coriacea Axinandra_zeylanica Dactylocladus_stenostachys Olinia_ventosa Rhynchocalyx_lawsonioides er er Endonema_retzioides er er Alzatea_verticillata

3 Crypteroniacae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=0; e=0; j=0.0635; LnL= er Macrocentrum_cristatum er Meriania_macrophylla er Miconia_donaeana er Clidemia_petiolaris er Bertolonia_marmorata Melastoma_beccarianum er Tibouchina_urvilleana er Rhexia_virginica Pternandra_caerulescens Pternandra_echinata Memecylon_durum Memecylon_edule Crypteronia_glabrifolia Crypteronia_griffithii Crypteronia_borneensis Crypteronia_paniculata Axinandra_coriacea Axinandra_zeylanica Dactylocladus_stenostachys Olinia_ventosa Rhynchocalyx_lawsonioides Endonema_retzioides er Alzatea_verticillata

4 Vateriopsis_seychellarum Stemonoporus_lancifolius Stemonoporus_scalarinervis Stemonoporus_acuminatus Stemonoporus_gilimalensis Stemonoporus_bullatus Stemonoporus_canaliculatus Stemonoporus_kanneliyensis Stemonoporus_wightii Stemonoporus_reticulatus fossil_aff_anisoptera Anisoptera_laevis Anisoptera_oblonga Upuna_borneensis Vateria_copallifera Cotylelobium_scabriusculum Cotylelobium_malayanum Vatica_affinis Vatica_chinensis Vatica_coriacea Vatica_micrantha Vatica_bella Vatica_pauciflora fossil_aff_dipterocarpus Dipterocarpus_kerrii Dipterocarpus_baudii Dipterocarpus_cornutus Dipterocarpus_alatus Dipterocarpus_insignis Dipterocarpus_zeylanicus Dipterocarpus_hispidus Dipterocarpus_glandulosus fossil_aff_dryobalanops Dryobalanops_aromatica Dryobalanops_oblongifolia Shorea_seminis Shorea_xanthophylla Shorea_multiflora Shorea_laevis Shorea_lissophylla Shorea_dyeri Shorea_pallescens Parashorea_lucida Shorea_pinanga Shorea_elliptica Shorea_splendens Shorea_richetia Shorea_ovalis Shorea_acuminata Shorea_parvifolia Shorea_macroptera Shorea_quadrinervis Shorea_macrophylla Shorea_leprosula Shorea_bullata Shorea_curtisii Shorea_fallax Shorea_zeylanica Shorea_affinis Shorea_worthingtonii Shorea_gardneri Shorea_ovalifolia Shorea_trapezifolia Shorea_megistophylla Shorea_disticha Shorea_congestiflora Shorea_cordifolia Shorea_stipularis Shorea_bracteolata Shorea_assamica Neobalanocarpus_heimii Hopea_wightiana Hopea_odorata Hopea_jucunda_modesta Hopea_discolor Hopea_jucunda Hopea_subalata Hopea_nervosa Hopea_helferi Hopea_latifolia Sey Sey Dipterocarpaceae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0823; LnL= Sey Sey

5 Dipterocarpaceae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0823; LnL= Hopea_latifolia Hopea_helferi Hopea_nervosa Hopea_subalata Hopea_jucunda Hopea_discolor Hopea_jucunda_modesta Hopea_odorata Hopea_wightiana Neobalanocarpus_heimii Shorea_assamica Shorea_bracteolata Shorea_stipularis Shorea_cordifolia Shorea_congestiflora Shorea_disticha Shorea_megistophylla Shorea_trapezifolia Shorea_ovalifolia Shorea_gardneri Shorea_worthingtonii Shorea_affinis Shorea_zeylanica Shorea_fallax Shorea_curtisii Shorea_bullata Shorea_leprosula Shorea_macrophylla Shorea_quadrinervis Shorea_macroptera Shorea_parvifolia Shorea_acuminata Shorea_ovalis Shorea_richetia Shorea_splendens Shorea_elliptica Shorea_pinanga Parashorea_lucida Shorea_pallescens Shorea_dyeri Shorea_lissophylla Shorea_laevis Shorea_multiflora Shorea_xanthophylla Shorea_seminis Dryobalanops_oblongifolia Dryobalanops_aromatica fossil_aff_dryobalanops Dipterocarpus_glandulosus Dipterocarpus_hispidus Dipterocarpus_zeylanicus Dipterocarpus_insignis Dipterocarpus_alatus Dipterocarpus_cornutus Dipterocarpus_baudii Dipterocarpus_kerrii fossil_aff_dipterocarpus Vatica_pauciflora Vatica_bella Vatica_micrantha Vatica_coriacea Vatica_chinensis Vatica_affinis Cotylelobium_malayanum Cotylelobium_scabriusculum Vateria_copallifera Upuna_borneensis Anisoptera_oblonga Anisoptera_laevis fossil_aff_anisoptera Stemonoporus_reticulatus Stemonoporus_wightii Stemonoporus_kanneliyensis Stemonoporus_canaliculatus Stemonoporus_bullatus Stemonoporus_gilimalensis Stemonoporus_acuminatus Stemonoporus_scalarinervis Stemonoporus_lancifolius SeyVateriopsis_seychellarum

6 AJ489914Gentianothamnus_madaga AJ489924Tachiadenus_longifloru AJ489923Tachiadenus_carinatus AJ489918Ornichia_trinervis AJ489917Ornichia_madagascarien AJ489890Exacum_linearifolium AJ489883Exacum_dolichantherum AJ489897Exacum_oldenlandioides AJ489902Exacum_stenophyllum AJ489900Exacum_quinquenervium AJ489884Exacum_exiguum AJ489881Exacum_bulbilliferum AJ489905Exacum_subverticillatu AJ489889Exacum_intermedium AJ489903Exacum_subacaule AJ489885Exacum_fruticosum AJ489893Exacum_marojejyense AJ489896Exacum_nummularifolium AJ489894Exacum_microcarpum AJ489888Exacum_humbertii AJ489895Exacum_millotii AJ489904Exacum_subteres AJ489912Exacum_walkeri AJ489911Exacum_walkeri AJ489913Exacum_wightianum AJ489880Exacum_atropurpureum AJ489892Exacum_macranthum AJ489898Exacum_pallidum AJ489891Exacum_macranthum AJ489910Exacum_trinervium AJ489909Exacum_trinervium AJ489882Exacum_caeruleum AJ489886Exacum_gracilipes AJ489879Exacum_affine AJ489877Exacum_affine AJ489878Exacum_affine AJ489906Exacum_sutaepense AJ489901Exacum_sessile AJ489899Exacum_pedunculatum AJ489907Exacum_tetragonum AJ489908Exacum_tetragonum AJ489887Exacum_hamiltonii Soc Soc Soc Soc Soc Soc Soc Soc Soc Soc Him Exacum BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0167; LnL= Soc Soc Soc Soc Soc Him Soc Soc Soc Soc Soc

7 Exacum BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0167; LnL= HimAJ489887Exacum_hamiltonii AJ489908Exacum_tetragonum AJ489907Exacum_tetragonum AJ489899Exacum_pedunculatum AJ489901Exacum_sessile AJ489906Exacum_sutaepense SocAJ489878Exacum_affine SocAJ489877Exacum_affine SocAJ489879Exacum_affine SocAJ489886Exacum_gracilipes SocAJ489882Exacum_caeruleum AJ489909Exacum_trinervium AJ489910Exacum_trinervium AJ489891Exacum_macranthum AJ489898Exacum_pallidum AJ489892Exacum_macranthum AJ489880Exacum_atropurpureum AJ489913Exacum_wightianum AJ489911Exacum_walkeri AJ489912Exacum_walkeri AJ489904Exacum_subteres AJ489895Exacum_millotii AJ489888Exacum_humbertii AJ489894Exacum_microcarpum AJ489896Exacum_nummularifolium AJ489893Exacum_marojejyense AJ489885Exacum_fruticosum AJ489903Exacum_subacaule AJ489889Exacum_intermedium AJ489905Exacum_subverticillatu AJ489881Exacum_bulbilliferum AJ489884Exacum_exiguum AJ489900Exacum_quinquenervium AJ489902Exacum_stenophyllum AJ489897Exacum_oldenlandioides AJ489883Exacum_dolichantherum AJ489890Exacum_linearifolium AJ489917Ornichia_madagascarien AJ489918Ornichia_trinervis AJ489923Tachiadenus_carinatus AJ489924Tachiadenus_longifloru AJ489914Gentianothamnus_madaga

8 Pachychilidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=0; e=0; j=0.0197; LnL= B_binodosa_ZMB B_armata_ZMB B_binodosa_ZMB B_armata_ZMB B_solemiana_ZMB B_solemiana_ZMB B_costula B_pagodula_ZMB B_pagodula_ZMB B_citrina_ZMB P_tigrina_ZMB P_martini_ZMB P_huegeli_ZMB P_huegeli_ZMB S_testudinaria_ZMB S_testudinaria_ZMB S_testudinaria_ZMB S_hainanensis_ZMB S_housei_ZMB T_patriarchalis_ZMB T_neritiformis_ZMB r r P_semoni_ZMB r r r r P_supralirata_ZMB P_nigratus_ZMB er er P_indiorum_ZMB J_asperata_ZMB J_asperata_ZMB J_dactylus_ZMB M_fluminea_ZMB

9 Pachychilidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=0; e=0; j=0.0197; LnL= B_binodosa_ZMB B_armata_ZMB B_binodosa_ZMB B_armata_ZMB B_solemiana_ZMB B_solemiana_ZMB B_costula B_pagodula_ZMB B_pagodula_ZMB B_citrina_ZMB P_tigrina_ZMB P_martini_ZMB P_huegeli_ZMB P_huegeli_ZMB S_testudinaria_ZMB S_testudinaria_ZMB S_testudinaria_ZMB S_hainanensis_ZMB S_housei_ZMB T_patriarchalis_ZMB T_neritiformis_ZMB r P_semoni_ZMB r P_supralirata_ZMB P_nigratus_ZMB er P_indiorum_ZMB J_asperata_ZMB J_asperata_ZMB J_dactylus_ZMB M_fluminea_ZMB

10 Travancoriana_schirnerae Travancoriana_schirnerae_AY Vanni_nilgiriensis_NHMB802a Lepidothelphusa_cognetti Liotelphusa_gagei Thaksinthelphusa_yongchindarat Phricotelphusa_sirindhorn Phricotelphusa_limula Phricotelphusa_amnicola Phricotelphusa_hockpingi Phricotelphusa_gracilipes Snaha_escheri_S8_15 Cylindrotelphusa_sp_SMF2754 Cylindrotelphusa_steniops Vanni_deepta_ZRC2003_0233_SG7_ Vanni_travancoriana_ZRC2003_02 Vanni_malabarica_S8_18 Vela_virupa_ZRC2003_0236_SG7_1 Baratha_peena_ZRC2003_0235_SG7 Baratha_pushta_ZRC2003_0234_SG Travancoriana_pollicaris_S8_9 Travancoriana_charu_ZRC2003_02 Gubernatoriana_gubernatoris_AY Gubernatoriana_basalticola_SG4 Gubernatoriana_basalticola_SG4 Pilarta_anuka_ZRC2003_0238_SG7 Lamella_lamellifrons_ZRC2003_0 Gecarcinucus_jacquemonti Gecarcinucus_jacquemonti_2 Sodhiana_blanfordi Sartoriana_spinigera Maydelliathelphusa_lugubris Maydelliathelphusa_edentula Barytelphusa_cunicularis_ZRC20 Barytelphusa_sp Barytelphusa_cunicularis Ceylonthelphusa_kandambyi Oziothelphusa_ceylonensis Oziothelphusa_sp_ thelphusa_tenebrosa thelphusa_hades Currothelphusa_asserpes Sendleria_gloriosa thelphusa_picta thelphusa_cavernicola thelphusa_boex Salangathelphusa_brevicarinata Sayamia_bangkokensis Sayamia_sexpunctata Heterothelphusa_fatum Siamthelphusa_improvisa Siamthelphusa_sp Parathelphusa_sp_5_2 Parathelphusa_maculata_1 Parathelphusa_reticulata Parathelphusa_sp_6_2 Parathelphusa_convexa_1 Parathelphusa_batamensis Parathelphusa_maindroni_2 Arachnothelphusa_radamanthysi Thelphusula_batamensis Thelphusula_sabana Thelphusula_hulu Thelphusula_tawauensis rothelphusa_transversa rothelphusa_sp Geelvinkia_holthuisi Holthuisana_biroi Holthuisana_festiva thelphusa_minahassae Terrathelphusa_kuhli Irmengardia_johnsoni Balssiathelphusa_cursor Perithelphusa_lehi Perithelphusa_borneensis Stygothelphusa_sp Stygothelphusa_bidiense Bacousa_sarawakensis Phillip Phillip Wallacea Phillip Phillip Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Phillip Wallacea Wallacea Phillip Phillip Phillip Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Gecarcinucidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0187; LnL= Phillip Phillip Wallacea Phillip Phillip Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Phillip Phillip Wallacea Wallacea Phillip Phillip Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea Wallacea

11 Gecarcinucidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0187; LnL= Bacousa_sarawakensis Stygothelphusa_bidiense Stygothelphusa_sp Perithelphusa_borneensis Perithelphusa_lehi Balssiathelphusa_cursor Irmengardia_johnsoni Terrathelphusa_kuhli Wallacea thelphusa_minahassae Wallacea Holthuisana_festiva Wallacea Holthuisana_biroi Wallacea Geelvinkia_holthuisi Wallacea rothelphusa_sp Wallacea rothelphusa_transversa Thelphusula_tawauensis Thelphusula_hulu Thelphusula_sabana Thelphusula_batamensis Arachnothelphusa_radamanthysi Parathelphusa_maindroni_2 Parathelphusa_batamensis Parathelphusa_convexa_1 Parathelphusa_sp_6_2 Parathelphusa_reticulata Parathelphusa_maculata_1 Wallacea Parathelphusa_sp_5_2 Siamthelphusa_sp Siamthelphusa_improvisa Heterothelphusa_fatum Sayamia_sexpunctata Sayamia_bangkokensis Salangathelphusa_brevicarinata Phillipthelphusa_boex Phillipthelphusa_cavernicola Phillipthelphusa_picta Wallacea Sendleria_gloriosa Wallacea Currothelphusa_asserpes Phillipthelphusa_hades thelphusa_tenebrosa Oziothelphusa_sp_ Oziothelphusa_ceylonensis Ceylonthelphusa_kandambyi Barytelphusa_cunicularis Barytelphusa_sp Barytelphusa_cunicularis_ZRC20 Maydelliathelphusa_edentula Maydelliathelphusa_lugubris Sartoriana_spinigera Sodhiana_blanfordi Gecarcinucus_jacquemonti_2 Gecarcinucus_jacquemonti Lamella_lamellifrons_ZRC2003_0 Pilarta_anuka_ZRC2003_0238_SG7 Gubernatoriana_basalticola_SG4 Gubernatoriana_basalticola_SG4 Gubernatoriana_gubernatoris_AY Travancoriana_charu_ZRC2003_02 Travancoriana_pollicaris_S8_9 Baratha_pushta_ZRC2003_0234_SG Baratha_peena_ZRC2003_0235_SG7 Vela_virupa_ZRC2003_0236_SG7_1 Vanni_malabarica_S8_18 Vanni_travancoriana_ZRC2003_02 Vanni_deepta_ZRC2003_0233_SG7_ Cylindrotelphusa_steniops Cylindrotelphusa_sp_SMF2754 Snaha_escheri_S8_15 Phricotelphusa_gracilipes Phricotelphusa_hockpingi Phricotelphusa_amnicola Phricotelphusa_limula Phricotelphusa_sirindhorn Thaksinthelphusa_yongchindarat Liotelphusa_gagei Lepidothelphusa_cognetti Vanni_nilgiriensis_NHMB802a Travancoriana_schirnerae_AY Travancoriana_schirnerae

12 Baronia_brevicornis Iphiclides_podalirius Lamproptera_curius Lamproptera_meges Graphium_doson Graphium_agamemnon Graphium_sarpedon Protesilaus_glaucolaus Eurytides_serville Mimoides_branchus Eurytides_marcellus Archon_apollinus Archon_apollinaris Luehdorfia_puziloi Luehdorfia_japonica Luehdorfia_chinensis Luehdorfia_taibai Sericinus_montela Bhutanitis_thaidina Bhutanitis_lidderdalii Bhutanitis_mansfieldi Zerynthia_rumina Zerynthia_polyxena Allancastria_louristana Allancastria_deyrollei Allancastria_cretica Allancastria_cerisyi Allancastria_caucasica Hypermnestra_helios Parnassius_tenedius Parnassius_arcticus Parnassius_hardwickii Parnassius_szechenyii Parnassius_cephalus Parnassius_schultei Parnassius_hannyngtoni Parnassius_maharaja Parnassius_acco Parnassius_boedromius Parnassius_simonius Parnassius_andreji Parnassius_simo Parnassius_orleans Parnassius_nordmanni Parnassius_stubbendorfii Parnassius_glacialis Parnassius_clodius Parnassius_eversmanni Parnassius_ariadne Parnassius_mnemosyne Parnassius_apollonius Parnassius_honrathi Parnassius_nomion Parnassius_epaphus Parnassius_jacquemontii Parnassius_tianschanicus Parnassius_actius Parnassius_apollo Parnassius_phoebus Parnassius_behrii Parnassius_smintheus Parnassius_sacerdos Parnassius_bremeri Parnassius_loxias Parnassius_autocrator Parnassius_charltonius Parnassius_inopinatus Parnassius_acdestis Parnassius_imperator Parnassius_patricius Parnassius_maximinus Parnassius_delphius Parnassius_cardinal Parnassius_staudingeri Parnassius_stoliczkanus Parnassius_stenosemus Battus_philenor Battus_polydamas Battus_polystictus Battus_belus Battus_crassus Pharmacophagus_antenor Trogonoptera_brookiana Cressida_cressida Atrophaneura_horishana Atrophaneura_alcinous Pachliopta_aristolochiae Pachliopta_neptunus Troides_hypolitus Troides_amphrysus Troides_haliphron Troides_staudingeri Troides_prattorum Troides_aeacus Troides_helena Ornithoptera_croesus Ornithoptera_aesacus Ornithoptera_euphorion Ornithoptera_paradisea Ornithoptera_tithonus Ornithoptera_rothschildi Ornithoptera_goliath Euryades_duponchelii Euryades_corethrus Parides_bunichus Parides_ascanius Parides_agavus Parides_proneus Parides_chabrias Parides_childrenae Parides_photinus Parides_sesostris Parides_vertumnus Parides_anchises Parides_tros Parides_aeneas Parides_neophilus Parides_eurimedes Parides_zacynthus Parides_lysander Parides_burchellanus Parides_panthonus Teinopalpus_imperialis Teinopalpus_aureus Meandrusa_payeni Meandrusa_sciron Papilio_cresphontes Papilio_thoas Papilio_astyalus Papilio_erostratus Papilio_anchisiades Papilio_hectorides Papilio_torquatus Papilio_scamander Papilio_garamas Papilio_birchalli Papilio_multicaudatus Papilio_rutulus Papilio_canadensis Papilio_glaucus Papilio_alexanor Papilio_epycides Papilio_clytia Papilio_esperanza Papilio_pilumnus Papilio_palamedes Papilio_troilus Papilio_anactus Papilio_gigon Papilio_demolion Papilio_noblei Papilio_delalandei Papilio_lormieri Papilio_rex Papilio_phorcas Papilio_constantinus Papilio_dardanus Papilio_meriones Papilio_xuthus Papilio_indra Papilio_zelicaon Papilio_polyxenes Papilio_hospiton Papilio_hippocrates Papilio_arregonius Papilio_machaon Papilio_nobilis Papilio_oribazus Papilio_epiphorbas Papilio_montrouzieri Papilio_ulysses Papilio_lorquinianus Papilio_paris Papilio_maackii Papilio_bianor Papilio_morondavana Papilio_grosesmithi Papilio_demodocus Papilio_erithonioides Papilio_mahadeva Papilio_nephelus Papilio_polytes Papilio_protenor Papilio_macilentus Papilio_forbesi Papilio_thaiwanus Papilio_rumanzovia Papilio_deiphobus Papilio_oenomanus Papilio_memnon Papilio_amynthor Papilio_helenus Papilio_enganius Papilio_pitmani Papilio_hipponous Papilio_albinus Papilio_heringi Papilio_tydeus Papilio_bridgei_hecataeus Papilio_gambrisius1 Papilio_gambrisius2 Papilio_aegeus SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE Papilionidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 4 areas max. d=0.0029; e=0; j=0.0105; LnL= SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE

13 Baronia_brevicornis Iphiclides_podalirius Lamproptera_curius Lamproptera_meges Graphium_doson Graphium_agamemnon Graphium_sarpedon Protesilaus_glaucolaus Eurytides_serville Mimoides_branchus Eurytides_marcellus Archon_apollinus Archon_apollinaris Luehdorfia_puziloi Luehdorfia_japonica Luehdorfia_chinensis Luehdorfia_taibai Sericinus_montela Bhutanitis_thaidina Bhutanitis_lidderdalii Bhutanitis_mansfieldi Zerynthia_rumina Zerynthia_polyxena Allancastria_louristana Allancastria_deyrollei Allancastria_cretica Allancastria_cerisyi Allancastria_caucasica Hypermnestra_helios Parnassius_tenedius Parnassius_arcticus Parnassius_hardwickii Parnassius_szechenyii Parnassius_cephalus Parnassius_schultei Parnassius_hannyngtoni Parnassius_maharaja Parnassius_acco Parnassius_boedromius Parnassius_simonius Parnassius_andreji Parnassius_simo Parnassius_orleans Parnassius_nordmanni Parnassius_stubbendorfii Parnassius_glacialis Parnassius_clodius Parnassius_eversmanni Parnassius_ariadne Parnassius_mnemosyne Parnassius_apollonius Parnassius_honrathi Parnassius_nomion Parnassius_epaphus Parnassius_jacquemontii Parnassius_tianschanicus Parnassius_actius Parnassius_apollo Parnassius_phoebus Parnassius_behrii Parnassius_smintheus Parnassius_sacerdos Parnassius_bremeri Parnassius_loxias Parnassius_autocrator Parnassius_charltonius Parnassius_inopinatus Parnassius_acdestis Parnassius_imperator Parnassius_patricius Parnassius_maximinus Parnassius_delphius Parnassius_cardinal Parnassius_staudingeri Parnassius_stoliczkanus Parnassius_stenosemus Battus_philenor Battus_polydamas Battus_polystictus Battus_belus Battus_crassus Pharmacophagus_antenor Trogonoptera_brookiana Cressida_cressida Atrophaneura_horishana Atrophaneura_alcinous Pachliopta_aristolochiae Pachliopta_neptunus Troides_hypolitus Troides_amphrysus Troides_haliphron Troides_staudingeri Troides_prattorum Troides_aeacus Troides_helena Ornithoptera_croesus Ornithoptera_aesacus Ornithoptera_euphorion Ornithoptera_paradisea Ornithoptera_tithonus Ornithoptera_rothschildi Ornithoptera_goliath Euryades_duponchelii Euryades_corethrus Parides_bunichus Parides_ascanius Parides_agavus Parides_proneus Parides_chabrias Parides_childrenae Parides_photinus Parides_sesostris Parides_vertumnus Parides_anchises Parides_tros Parides_aeneas Parides_neophilus Parides_eurimedes Parides_zacynthus Parides_lysander Parides_burchellanus Parides_panthonus Teinopalpus_imperialis Teinopalpus_aureus Meandrusa_payeni Meandrusa_sciron Papilio_cresphontes Papilio_thoas Papilio_astyalus Papilio_erostratus Papilio_anchisiades Papilio_hectorides Papilio_torquatus Papilio_scamander Papilio_garamas Papilio_birchalli Papilio_multicaudatus Papilio_rutulus Papilio_canadensis Papilio_glaucus Papilio_alexanor Papilio_epycides Papilio_clytia Papilio_esperanza Papilio_pilumnus Papilio_palamedes Papilio_troilus Papilio_anactus Papilio_gigon Papilio_demolion Papilio_noblei Papilio_delalandei Papilio_lormieri Papilio_rex Papilio_phorcas Papilio_constantinus Papilio_dardanus Papilio_meriones Papilio_xuthus Papilio_indra Papilio_zelicaon Papilio_polyxenes Papilio_hospiton Papilio_hippocrates Papilio_arregonius Papilio_machaon Papilio_nobilis Papilio_oribazus Papilio_epiphorbas Papilio_montrouzieri Papilio_ulysses Papilio_lorquinianus Papilio_paris Papilio_maackii Papilio_bianor Papilio_morondavana Papilio_grosesmithi Papilio_demodocus Papilio_erithonioides Papilio_mahadeva Papilio_nephelus Papilio_polytes Papilio_protenor Papilio_macilentus Papilio_forbesi Papilio_thaiwanus Papilio_rumanzovia Papilio_deiphobus Papilio_oenomanus Papilio_memnon Papilio_amynthor Papilio_helenus Papilio_enganius Papilio_pitmani Papilio_hipponous Papilio_albinus Papilio_heringi Papilio_tydeus Papilio_bridgei_hecataeus Papilio_gambrisius1 Papilio_gambrisius2 Papilio_aegeus SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE SE Papilionidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 4 areas max. d=0.0029; e=0; j=0.0105; LnL=

14 Ceratina_rhodura Ceratina_aloes Ceratina_perpolita Ceratina_minuta Ceratina_minutula Ceratina_speculifrons Ceratina_subquadrata Ceratina_braunsi Ceratina_sculpturata Ceratina_flavolateralis Ceratina_bilobata Ceratina_Ctenoceratina_sp_Zamb Ceratina_lineola Ceratina_australensis Ceratina_propinqua Ceratina_bispinosa Ceratina_Neoceratina_sp_Solomo Ceratina_satoi Ceratina_dentipes_isolate_MAL Ceratina_dentipes_isolate_MAU Ceratina_Hirashima_sp_Malagasy Ceratina_Hirashima_sp_Malagasy Ceratina_lativentris Ceratina_Hirashima_sp_Sica_ Ceratina_Hirashima_sp_Sica_ Ceratina_Hirashima_sp_Zambia_2 Ceratina_Hirashima_sp_Zambia_1 Ceratina_tanganyicensis Ceratina_moerenhouti Ceratina_lunata Ceratina_malindae Ceratina_penicilligera Ceratina_ericia Ceratina_sp_Kenya Ceratina_penicillata Ceratina_rufigastra Ceratina_azurea Ceratina_mandibulari Ceratina_tibialis Ceratina_chalcites Ceratina_chrysomalla Ceratina_Calloceratina_sp_blue Ceratina_Calloceratina_sp_Pana Ceratina_breviceps Ceratina_Ceratinula_sp_paragua Ceratina_cockerelli Ceratina_cyaniventris Ceratina_dupla Ceratina_dupla_floridana Ceratina_strenua Ceratina_calcarata Ceratina_sp_SMR_2010 Ceratina_smaragdula Ceratina_binghami Ceratina_unimaculata Ceratina_citriphila Ceratina_tarsata Ceratina_fastigiata Ceratina_Pithitis_sp_Kenya Ceratina_waini Ceratina_nasalis Ceratina_accusator Ceratina_cognata Ceratina_bryanti Ceratina_nigrolateralis Ceratina_papuana Ceratina_okinawana Ceratina_japonica Ceratina_bowringi Ceratina_hieroglyphica Ceratina_moderata r r r er er er er er er er er er r r r er er er er er er er er er er r Ceratinini BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=4e 04; e=0; j=0.0317; LnL= r r er er er er er er er er er r r r er er er er er er er er er er r

15 Ceratinini BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=4e 04; e=0; j=0.0317; LnL= Ceratina_moderata Ceratina_hieroglyphica Ceratina_bowringi Ceratina_japonica Ceratina_okinawana r Ceratina_papuana Ceratina_nigrolateralis Ceratina_bryanti Ceratina_cognata Ceratina_accusator Ceratina_nasalis Ceratina_waini Ceratina_Pithitis_sp_Kenya Ceratina_fastigiata Ceratina_tarsata Ceratina_citriphila Ceratina_unimaculata Ceratina_binghami Ceratina_smaragdula Ceratina_sp_SMR_2010 er Ceratina_calcarata er Ceratina_strenua er Ceratina_dupla_floridana er Ceratina_dupla er Ceratina_cyaniventris er Ceratina_cockerelli er Ceratina_Ceratinula_sp_paragua er Ceratina_breviceps er Ceratina_Calloceratina_sp_Pana er Ceratina_Calloceratina_sp_blue Ceratina_chrysomalla Ceratina_chalcites Ceratina_tibialis Ceratina_mandibulari Ceratina_azurea Ceratina_rufigastra Ceratina_penicillata Ceratina_sp_Kenya Ceratina_ericia Ceratina_penicilligera Ceratina_malindae Ceratina_lunata Ceratina_moerenhouti Ceratina_tanganyicensis Ceratina_Hirashima_sp_Zambia_1 Ceratina_Hirashima_sp_Zambia_2 Ceratina_Hirashima_sp_Sica_ Ceratina_Hirashima_sp_Sica_ Ceratina_lativentris Ceratina_Hirashima_sp_Malagasy Ceratina_Hirashima_sp_Malagasy Ceratina_dentipes_isolate_MAU Ceratina_dentipes_isolate_MAL Ceratina_satoi r Ceratina_Neoceratina_sp_Solomo Ceratina_bispinosa Ceratina_propinqua r Ceratina_australensis Ceratina_lineola Ceratina_Ctenoceratina_sp_Zamb Ceratina_bilobata Ceratina_flavolateralis Ceratina_sculpturata Ceratina_braunsi Ceratina_subquadrata Ceratina_speculifrons Ceratina_minutula Ceratina_minuta Ceratina_perpolita Ceratina_aloes Ceratina_rhodura

16 Tetraponera_tessmanni Tetraponera_penzigi Tetraponera_allaborans Tetraponera_clypeata Tetraponera_morondaviensis Tetraponera_punctulata Tetraponera_nigra Tetraponera_grandidieri Tetraponera_pilosa Tetraponera_aethiops Tetraponera_rufonigra Tetraponera_natalensis Tetraponera_caffra Tetraponera_parops Tetraponera_ambigua Pseudomyrmex_filiformis Pseudomyrmex_termitarius Pseudomyrmex_denticollis Pseudomyrmex_boopis Pseudomyrmex_tenuis Pseudomyrmex_tenuissimus Pseudomyrmex_spiculus Pseudomyrmex_apache Pseudomyrmex_elongatulus Pseudomyrmex_viduus Pseudomyrmex_dendroicus Pseudomyrmex_cubaensis Pseudomyrmex_oculatus Pseudomyrmex_concolor Pseudomyrmex_tachigaliae Pseudomyrmex_oki Pseudomyrmex_pazosi Pseudomyrmex_simplex Pseudomyrmex_holmgreni Pseudomyrmex_pallidus Pseudomyrmex_subater Pseudomyrmex_haytianus Pseudomyrmex_nigrocinctus Pseudomyrmex_flavicornis Pseudomyrmex_kuenckeli Pseudomyrmex_phyllophilus Pseudomyrmex_pallens Pseudomyrmex_godmani Pseudomyrmex_nigropilosus Pseudomyrmex_gracilis Pseudomyrmex_cordiae Pseudomyrmex_ita Pseudomyrmex_sericeus er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er Pseudomyrmecinae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0224; LnL= er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er er

17 Pseudomyrmecinae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0224; LnL= er Pseudomyrmex_sericeus er Pseudomyrmex_ita er Pseudomyrmex_cordiae er Pseudomyrmex_gracilis er Pseudomyrmex_nigropilosus er Pseudomyrmex_godmani er Pseudomyrmex_pallens er Pseudomyrmex_phyllophilus er Pseudomyrmex_kuenckeli er Pseudomyrmex_flavicornis er Pseudomyrmex_nigrocinctus er Pseudomyrmex_haytianus er Pseudomyrmex_subater er Pseudomyrmex_pallidus er Pseudomyrmex_holmgreni er Pseudomyrmex_simplex er Pseudomyrmex_pazosi er Pseudomyrmex_oki er Pseudomyrmex_tachigaliae er Pseudomyrmex_concolor er Pseudomyrmex_oculatus er Pseudomyrmex_cubaensis er Pseudomyrmex_dendroicus er Pseudomyrmex_viduus er Pseudomyrmex_elongatulus er Pseudomyrmex_apache er Pseudomyrmex_spiculus er Pseudomyrmex_tenuissimus er Pseudomyrmex_tenuis er Pseudomyrmex_boopis er Pseudomyrmex_denticollis er Pseudomyrmex_termitarius er Pseudomyrmex_filiformis Tetraponera_ambigua Tetraponera_parops Tetraponera_caffra Tetraponera_natalensis Tetraponera_rufonigra Tetraponera_aethiops Tetraponera_pilosa Tetraponera_grandidieri Tetraponera_nigra Tetraponera_punctulata Tetraponera_morondaviensis Tetraponera_clypeata Tetraponera_allaborans Tetraponera_penzigi Tetraponera_tessmanni

18 Myrmica BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0494; LnL= Myrmica_schoedli Myrmica_angulata Myrmica_yamanei_2 Myrmica_nsp_2 Myrmica_formosae Myrmica_indica Myrmica_indica_2 Myrmica_weberi Myrmica_serica Myrmica_yamanei er er Myrmica_crassirugis er er Myrmica_sulcinodis er er er er Myrmica_crassirugis_2 Eur Eur Eur EurMyrmica_scabrinodis_2 Eur Eur Eur EurMyrmica_scabrinodis Myrmica_angulinodis Myrmica_angulinodis_2 Myrmica_sulcinodis_

19 Myrmica BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0494; LnL= Myrmica_schoedli Myrmica_angulata Myrmica_yamanei_2 Myrmica_nsp_2 Myrmica_formosae Myrmica_indica Myrmica_indica_2 Myrmica_weberi Myrmica_serica Myrmica_yamanei er Myrmica_crassirugis Myrmica_sulcinodis er Myrmica_crassirugis_2 EurMyrmica_scabrinodis_2 EurMyrmica_scabrinodis Myrmica_angulinodis Myrmica_angulinodis_2 Myrmica_sulcinodis_

20 Aplocheiloidei BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0259; LnL= Aphyosemion_bivittatum Aphyosemion_australe Fundulopanchax_sjoestedi Fundulopanchax_mirabile Nothobranchius_kafuensis Nothobranchius_kirki Epiplatys_chaperi Epiplatys_boulengeri Epiplatys_roloffi Roloffia_occidentalis er er Roloffia_geryi er er Rivulus_stagnatus er er er er Rivulus_tenuis er er er er er er Trigonectes_rubromarginatus er er rofundulus_limnaeus er er er er Cynolebias_affinis er er er er Cynolebias_antenori er er er er Leptolebias_citrinipinnis Sey SeyPachypanchax_playfairii a a a apachypanchax_homolonotus a a Aplocheilus_panchax Aplocheilus_lineatus

21 Aplocheiloidei BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0259; LnL= Aphyosemion_bivittatum Aphyosemion_australe Fundulopanchax_sjoestedi Fundulopanchax_mirabile Nothobranchius_kafuensis Nothobranchius_kirki Epiplatys_chaperi Epiplatys_boulengeri Epiplatys_roloffi Roloffia_occidentalis Roloffia_geryi er Rivulus_stagnatus er Rivulus_tenuis er Trigonectes_rubromarginatus er rofundulus_limnaeus er Cynolebias_affinis er Cynolebias_antenori er Leptolebias_citrinipinnis SeyPachypanchax_playfairii apachypanchax_homolonotus Aplocheilus_panchax Aplocheilus_lineatus

22 Channa BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.3815; LnL= 9.44 Channa_striata_TanjungKarang Channa_striata_Lampung Channa_striata_Kerala Channa_striata_Vientiane Channa_cf_marulius_StungTreng1 Channa_marulia Channa_gachua_KongJeam Channa_gachua_VangVien Channa_bleheri Channa_maculata Channa_micropeltes_TienBien Channa_diplogramme Channa_lucius_Kratie Channa_lucius_sumatera

23 Channa BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.3815; LnL= 9.44 Channa_striata_TanjungKarang Channa_striata_Lampung Channa_striata_Kerala Channa_striata_Vientiane Channa_cf_marulius_StungTreng1 Channa_marulia Channa_gachua_KongJeam Channa_gachua_VangVien Channa_bleheri Channa_maculata Channa_micropeltes_TienBien Channa_diplogramme Channa_lucius_Kratie Channa_lucius_sumatera

24 Helostoma_temminkii Anabas_testudineus Sandelia_capensis Ctenopoma_nigropannosum Ctenopoma_pellegrini Ctenopoma_nebulosum Ctenopoma_kingsleyae Ctenopoma_petherici Ctenopoma_ocellatum Ctenopoma_acutirostre Ctenopoma_muriei Microctenopoma_fasciolatum Microctenopoma_ansorgii Microctenopoma_nanum Microctenopoma_damasi Microctenopoma_sp_Mai_Ndombe Belontia_signata Belontia_hasselti Osphromenus_exodon Osphronemus_septemfasciatus Osphronemus_gouramy Ctenops_nobilis Parasphaerichthys_lineatus Parasphaerichthys_ocellatus Luciocephalus_pulcher Luciocephalus_sp Sphaerichthys_vaillanti Sphaerichthys_acrostoma Sphaerichthys_selatanensis Sphaerichthys_osphromenoides Colisa_fasciata Colisa_labiosa Colisa_lalia Colisa_chuna Trichogaster_leerii Trichogaster_microlepis Trichogaster_pectoralis Trichogaster_trichopterus Macropodus_spechti Macropodus_opercularis Malpulutta_kretseri Pseudosphromenus_dayi Pseudosphromenus_cupanus Trichopsis_vittata Trichopsis_pumila Trichopsis_schalleri Parosphromenus_ornaticauda Parosphromenus_paludicola Parosphromenus_anjunganensis Parosphromenus_deissneri Betta_unimaculata Betta_macrostoma Betta_splendens Betta_coccina Betta_foerschi Betta_albimarginata Betta_dimidiata Anabantoidei, Osphronemidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0019; e=0; j=0.0207; LnL= 35.48

25 Anabantoidei, Osphronemidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0019; e=0; j=0.0207; LnL= Betta_dimidiata Betta_albimarginata Betta_foerschi Betta_coccina Betta_splendens Betta_macrostoma Betta_unimaculata Parosphromenus_deissneri Parosphromenus_anjunganensis Parosphromenus_paludicola Parosphromenus_ornaticauda Trichopsis_schalleri Trichopsis_pumila Trichopsis_vittata Pseudosphromenus_cupanus Pseudosphromenus_dayi Malpulutta_kretseri Macropodus_opercularis Macropodus_spechti Trichogaster_trichopterus Trichogaster_pectoralis Trichogaster_microlepis Trichogaster_leerii Colisa_chuna Colisa_lalia Colisa_labiosa Colisa_fasciata Sphaerichthys_osphromenoides Sphaerichthys_selatanensis Sphaerichthys_acrostoma Sphaerichthys_vaillanti Luciocephalus_sp Luciocephalus_pulcher Parasphaerichthys_ocellatus Parasphaerichthys_lineatus Ctenops_nobilis Osphronemus_gouramy Osphronemus_septemfasciatus Osphromenus_exodon Belontia_hasselti Belontia_signata Microctenopoma_sp_Mai_Ndombe Microctenopoma_damasi Microctenopoma_nanum Microctenopoma_ansorgii Microctenopoma_fasciolatum Ctenopoma_muriei Ctenopoma_acutirostre Ctenopoma_ocellatum Ctenopoma_petherici Ctenopoma_kingsleyae Ctenopoma_nebulosum Ctenopoma_pellegrini Ctenopoma_nigropannosum Sandelia_capensis Anabas_testudineus Helostoma_temminkii

26 Heteropneustes fossilis BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.071; LnL= 2.96 Heteropneustes_fossilis_Hky2 Heteropneustes_fossilis_Has1 Heteropneustes_fossilis_Hwb1 Heteropneustes_fossilis_Hcp1 Heteropneustes_fossilis_Hkc2 Heteropneustes_fossilis_Hyg1 Heteropneustes_fossilis_Hbg2 Heteropneustes_fossilis_Hrk

27 Heteropneustes fossilis BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.071; LnL= 2.96 Heteropneustes_fossilis_Hky2 Heteropneustes_fossilis_Has1 Heteropneustes_fossilis_Hwb1 Heteropneustes_fossilis_Hcp1 Heteropneustes_fossilis_Hkc2 Heteropneustes_fossilis_Hyg1 Heteropneustes_fossilis_Hbg2 Heteropneustes_fossilis_Hrk

28 Acantopsis_sp_4_A090 Acantopsis_sp_3_A222 Acantopsis_sp_2_A624 Acantopsis_sp_1_A1714 Acanthopsoides_hapalias_A634 Acanthopsoides_gracilentus_A65 Acanthopsoides_gracilentus_A97 Acanthopsoides_robertsi_A1720 Acanthopsoides_robertsi_A1613 Acanthopsoides_robertsi_A1580 Kottelatlimia_katik_A1855 Kottelatlimia_pristes_A239 Pangio_anguillaris_A1061 Pangio_doriae_A1583 Pangio_pangia_A2181 Pangio_oblonga_A1778 Pangio_cuneovirgata_A550 Pangio_cf_kuhlii_A1553 Lepidocephalus_thermalis_A280 Lepidocephalichthys_berdmorei_ Lepidocephalichthys_berdmorei_ Lepidocephalichthys_guntea_A49 Lepidocephalichthys_guntea_A49 Lepidocephalichthys_guntea_A03 Lepidocephalichthys_hasselti_A Lepidocephalus_macrochir_A866 Neoeucirrhichthys_maydelli_A50 Somileptus_gongota_A175 Sabanejewia_larvata_A1859 Sabanejewia_romanica_G23 Sabanejewia_balcanica_A457 Cobitis_misgurnoides_A301 Koreocobitis_naktongensis_A197 Koreocobitis_rotundicauda_A188 Paramisgurnus_dabryanus_A409 Misgurnus_anguillicaudatus_A40 Misgurnus_sp_1_A212 Misgurnus_fossilis_A081 Cobitis_choii_A2029 Cobitis_melanoleuca_A1068 Cobitis_cf_sibirica Cobitis_striata Cobitis_biwae_A2237 Niwaella_delicata_A2177 Cobitis_pacifica_A1889 Iksookimia_pumila_A1928 Iksookimia_koreensis_A1868 Cobitis_rara_A2019 Cobitis_lutheri_A1930 Cobitis_elongata Cobitis_bilineata_A1069 Niwaella_cf_laterimaculata_IHC Cobitis_elazigensis_A2094 Cobitis_vettonica_A1862 Cobitis_taenia Iksookimia_longicorpa_A1918 Iksookimia_yongdokensis_A1896 Kichulchoia_brevciata_A1936 Niwaella_multciata_A1907 Misgurnus_anguillicaudatus_A40 Misgurnus_sp_2_A1958 Misgurnus_sp_3_A1879 Misgurnus_bipartitus_haplotype Misgurnus_mohoity_A Cobitidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0252; LnL= 14.02

29 Cobitidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0252; LnL= Misgurnus_mohoity_A1114 Misgurnus_bipartitus_haplotype Misgurnus_sp_3_A1879 Misgurnus_sp_2_A1958 Misgurnus_anguillicaudatus_A40 Niwaella_multciata_A1907 Kichulchoia_brevciata_A1936 Iksookimia_yongdokensis_A1896 Iksookimia_longicorpa_A1918 Cobitis_taenia Cobitis_vettonica_A1862 Cobitis_elazigensis_A2094 Niwaella_cf_laterimaculata_IHC Cobitis_bilineata_A1069 Cobitis_elongata Cobitis_lutheri_A1930 Cobitis_rara_A2019 Iksookimia_koreensis_A1868 Iksookimia_pumila_A1928 Cobitis_pacifica_A1889 Niwaella_delicata_A2177 Cobitis_biwae_A2237 Cobitis_striata Cobitis_cf_sibirica Cobitis_melanoleuca_A1068 Cobitis_choii_A2029 Misgurnus_fossilis_A081 Misgurnus_sp_1_A212 Misgurnus_anguillicaudatus_A40 Paramisgurnus_dabryanus_A409 Koreocobitis_rotundicauda_A188 Koreocobitis_naktongensis_A197 Cobitis_misgurnoides_A301 Sabanejewia_balcanica_A457 Sabanejewia_romanica_G23 Sabanejewia_larvata_A1859 Somileptus_gongota_A175 Neoeucirrhichthys_maydelli_A50 Lepidocephalus_macrochir_A866 Lepidocephalichthys_hasselti_A Lepidocephalichthys_guntea_A03 Lepidocephalichthys_guntea_A49 Lepidocephalichthys_guntea_A49 Lepidocephalichthys_berdmorei_ Lepidocephalichthys_berdmorei_ Lepidocephalus_thermalis_A280 Pangio_cf_kuhlii_A1553 Pangio_cuneovirgata_A550 Pangio_oblonga_A1778 Pangio_pangia_A2181 Pangio_doriae_A1583 Pangio_anguillaris_A1061 Kottelatlimia_pristes_A239 Kottelatlimia_katik_A1855 Acanthopsoides_robertsi_A1580 Acanthopsoides_robertsi_A1613 Acanthopsoides_robertsi_A1720 Acanthopsoides_gracilentus_A97 Acanthopsoides_gracilentus_A65 Acanthopsoides_hapalias_A634 Acantopsis_sp_1_A1714 Acantopsis_sp_2_A624 Acantopsis_sp_3_A222 Acantopsis_sp_4_A

30 Microhylidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0258; LnL= 4.32 Kaloula_pulchra_GB1 Kaloula_baleata_ROM_32932 Kaloula_picta_USFS_56931 Metaphrynella_sundana_FMNH_231 Metaphrynella_pollicaris_GB Phrynella_pulchra_GB Ramanella_obscura_MM_5980 Ramanella_cf_obscura_GB Ramanella_montana_GB Ramanella_variegata_0019C Uperodon Kaloula_taprobanica_GB1 Microhyla_heymonsi_GB Microhyla_ornata_ Microhyla_annectens_GB Glyphoglossus_molossus_USFS_34 Calluella_guttulata_GB1 Chaperina_fusca_GB Micryletta_inornata_K_

31 Microhylidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0258; LnL= 4.32 Kaloula_pulchra_GB1 Kaloula_baleata_ROM_32932 Kaloula_picta_USFS_56931 Metaphrynella_sundana_FMNH_231 Metaphrynella_pollicaris_GB Phrynella_pulchra_GB Ramanella_obscura_MM_5980 Ramanella_cf_obscura_GB Ramanella_montana_GB Ramanella_variegata_0019C Uperodon Kaloula_taprobanica_GB1 Microhyla_heymonsi_GB Microhyla_ornata_ Microhyla_annectens_GB Glyphoglossus_molossus_USFS_34 Calluella_guttulata_GB1 Chaperina_fusca_GB Micryletta_inornata_K_

32 Indirana_beddomii Indirana_semipalmata Ingerana_baluensis Occidozyga_borealis Ingerana_tenasserimensis Occidozyga_laevis Occidozyga_baluensis Occidozyga_lima Occidozyga_magnapustulosa Occidozyga_martensii Nannophrys_ceylonensis Nannophrys_marmorata Euphlyctis_hexadactylus Euphlyctis_cyanophlyctis Euphlyctis_ehrenbergii Hoplobatrachus_occipitalis Hoplobatrachus_tigerinus Hoplobatrachus_rugulosus Sphaerotheca_dobsonii Sphaerotheca_breviceps Fejervarya_cancrivora Fejervarya_vittigera Fejervarya_triora Fejervarya_iskandari Fejervarya_orissaensis Fejervarya_sakishimensis Fejervarya_hp2 Fejervarya_limnocharis Fejervarya_mudduraja Fejervarya_hp3 Fejervarya_hp6 Fejervarya_greenii Fejervarya_kirtisinghei Fejervarya_rufescens Fejervarya_kudremukhensis Fejervarya_caperata Fejervarya_syhadrensis Fejervarya_granosa Fejervarya_pierrei Paa_fasciculispina Paa_shini Paa_boulengeri Paa_robertingeri Paa_jiulongensis Paa_spinosa Paa_exilispinosa Paa_liebigii Paa_taihangnicus Paa_yunnanensis Paa_bourreti Nanorana_parkeri Nanorana_ventripunctata Nanorana_pleskei Paa_conaensis Paa_medogensis Paa_maculosa Paa_chayuensis Paa_arnoldi Limnonectes_gyldenstolpei Limnonectes_dabanus Limnonectes_kadarsani Limnonectes_microdiscus Limnonectes_fragilis Limnonectes_fujianensis Limnonectes_kuhlii Limnonectes_bannaensis Limnonectes_leporinus Limnonectes_grunniens Limnonectes_parvus Limnonectes_poilani Limnonectes_malesianus Limnonectes_finchi Limnonectes_leytensis Limnonectes_acanthi Limnonectes_arathooni Limnonectes_microtympanum Limnonectes_visayanus Limnonectes_woodworthi Limnonectes_macrocephalus Limnonectes_modestus Limnonectes_heinrichi Limnonectes_magnus Dicroglossidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0324; LnL= 39.67

33 Dicroglossidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0324; LnL= Limnonectes_magnus Limnonectes_heinrichi Limnonectes_modestus Limnonectes_macrocephalus Limnonectes_woodworthi Limnonectes_visayanus Limnonectes_microtympanum Limnonectes_arathooni Limnonectes_acanthi Limnonectes_leytensis Limnonectes_finchi Limnonectes_malesianus Limnonectes_poilani Limnonectes_parvus Limnonectes_grunniens Limnonectes_leporinus Limnonectes_bannaensis Limnonectes_kuhlii Limnonectes_fujianensis Limnonectes_fragilis Limnonectes_microdiscus Limnonectes_kadarsani Limnonectes_dabanus Limnonectes_gyldenstolpei Paa_arnoldi Paa_chayuensis Paa_maculosa Paa_medogensis Paa_conaensis Nanorana_pleskei Nanorana_ventripunctata Nanorana_parkeri Paa_bourreti Paa_yunnanensis Paa_taihangnicus Paa_liebigii Paa_exilispinosa Paa_spinosa Paa_jiulongensis Paa_robertingeri Paa_boulengeri Paa_shini Paa_fasciculispina Fejervarya_pierrei Fejervarya_granosa Fejervarya_syhadrensis Fejervarya_caperata Fejervarya_kudremukhensis Fejervarya_rufescens Fejervarya_kirtisinghei Fejervarya_greenii Fejervarya_hp6 Fejervarya_hp3 Fejervarya_mudduraja Fejervarya_limnocharis Fejervarya_hp2 Fejervarya_sakishimensis Fejervarya_orissaensis Fejervarya_iskandari Fejervarya_triora Fejervarya_vittigera Fejervarya_cancrivora Sphaerotheca_breviceps Sphaerotheca_dobsonii Hoplobatrachus_rugulosus Hoplobatrachus_tigerinus Hoplobatrachus_occipitalis Euphlyctis_ehrenbergii Euphlyctis_cyanophlyctis Euphlyctis_hexadactylus Nannophrys_marmorata Nannophrys_ceylonensis Occidozyga_martensii Occidozyga_magnapustulosa Occidozyga_lima Occidozyga_baluensis Occidozyga_laevis Ingerana_tenasserimensis Occidozyga_borealis Ingerana_baluensis Indirana_semipalmata Indirana_beddomii

34 Rkuku DQ DQ dq DQ DQ AY DQ AY DQ DQ DQ ay DQ AF AF AF AF V13 V V14 V15 V10 V11 W45 W44 DQ GQ JN GQ DQ GQ V16 R2 W46 DQ DQ R6 DQ R34 90 V44 AY880593HEBIG JN JN JN JN JN JN JN JN JN JN V42 JN JN JN JN JN JN JN JN AF AF JN JN JN V24 DQ DQ DQ V98 V97 R11 V48 V46 W47 W17 W20 DQ DQ V43 V52 V55 V56 V60 W9 W V25 W42 V W14 V86 W39 W W37 V39 W13 W W25 R W29 W Hai W32 W34 W31 AF GQ GQ GQ AF GQ R21 V99 GQ V87 W V76 DQ GQ R16 EU178098heEU EU178099heEU AY AY eques_2 AY GQ fastigo_2 AY AY GQ AF JN EU104676heEU EF JN GQ EF AB GQ AY DQ GQ AF249028heAY AF JN GQ EU178096heEU JN V W24 GQ GQ AY leucomystax_2 AF AF AF GQ V17 V18 AY DQ AF285222Vietnam AF285223Vietnam GQ V28 V27 73 V AF AF W5 LAF JN LEF V29 LAY R25 98 V30 20 L4 V R37 R13 R12 80 AF LAY LAY LAB V36 14 LEF L V37 R8 R7 L12 22 V20 LEF V32 L2 L16 V L13 V34 V35 V4 V5 LL JN JN JN JN JN W23 LAY JN JN AF W16 JN GQ JN AF LDQ346957h W21 GQ GQ LAF JN JN W22 W12 LV22 V67 V77 GQ DQ V51 V93 V92 DQ V23 R28 R26 R31 R30 GQ GQ DQ R44 R43 LAY W4 W1 GQ JN JN LAF AF215188heAF c24 W10 W11 AY AF GQ L06245 V26 L14b 51 L15 LAY W3 GQ JN GQ Rhacophoridae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0067; e=0; j=0.0019; LnL=

35 Rkuku DQ DQ dq DQ DQ AY DQ AY DQ DQ DQ ay DQ AF AF AF AF V13 V V14 V15 V10 V11 W45 W44 DQ GQ JN GQ DQ GQ V16 R2 W46 DQ DQ R6 DQ R34 90 V44 AY880593HEBIG JN JN JN JN JN JN JN JN JN JN V42 JN JN JN JN JN JN JN JN AF AF JN JN JN V24 DQ DQ DQ V98 V97 R11 V48 V46 W47 W17 W20 DQ DQ V43 V52 V55 V56 V60 W9 W V25 W42 V W14 V86 W39 W W37 V39 W13 W W25 R W29 W Hai W32 W34 W31 AF GQ GQ GQ AF GQ R21 V99 GQ V87 W V76 DQ GQ R16 EU178098heEU EU178099heEU AY AY eques_2 AY GQ fastigo_2 AY AY GQ AF JN EU104676heEU EF JN GQ EF AB GQ AY DQ GQ AF249028heAY AF JN GQ EU178096heEU JN V W24 GQ GQ AY leucomystax_2 AF AF AF GQ V17 V18 AY DQ AF285222Vietnam AF285223Vietnam GQ V28 V27 73 V AF AF W5 LAF JN LEF V29 LAY R25 98 V30 20 L4 V R37 R13 R12 80 AF LAY LAY LAB V36 14 LEF L V37 R8 R7 L12 22 V20 LEF V32 L2 L16 V L13 V34 V35 V4 V5 LL JN JN JN JN JN W23 LAY JN JN AF W16 JN GQ JN AF LDQ346957h W21 GQ GQ LAF JN JN W22 W12 LV22 V67 V77 GQ DQ V51 V93 V92 DQ V23 R28 R26 R31 R30 GQ GQ DQ R44 R43 LAY W4 W1 GQ JN JN LAF AF215188heAF c24 W10 W11 AY AF GQ L06245 V26 L14b 51 L15 LAY W3 GQ JN GQ Rhacophoridae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0067; e=0; j=0.0019; LnL=

36 Duttaphrynus_melanostictus_I Duttaphrynus_parietalis_I Duttaphrynus_sp_a_I Duttaphrynus_brevirostris_I Duttaphrynus_sp_c_A Duttaphrynus_sp_b_I Duttaphrynus_scaber_I Duttaphrynus_atukoralei_I Duttaphrynus_himalayanus_I Duttaphrynus_stuarti_A Duttaphrynus_crocus_A Duttaphrynus_hololius_I Duttaphrynus_stomaticus_I Duttaphrynus_dhufarensis_A Bufo_sp_I Bufo_koynayensis_I Adenomus_kelaartii_I Pedostibes_tuberculosus_I Leptophryne_borbonica_A Ansonia_longidigita_A Ansonia_leptopus_A Ansonia_spinulifer_A Ansonia_hanitschi_A Pelophryne_signata_A Pelophryne_misera_A Ansonia_ornata_I Bufo_bufo_Eu Bufo_verrucosissimus_A Bufo_spinosus_Eu Bufo_andrewsi_A Bufo_gargarizans_A Epidalea_calamita_Eu Pseudepidalea_cf_pewzowi_A Pseudepidalea_cf_variabilis_A Pseudepidalea_viridis_Eu Pseudepidalea_cf_surda_A Pseudepidalea_brongersmai_Af Phrenoides_juxtasper_A Pedostibes_hosii_A Ingerophrynus_galeatus_A Ingerophrynus_macrotis_A Ingerophrynus_divergens_A Nectophrynoides_tornieri_Af Nectophrynoides_minutus_Af Nectophrynoides_viviparus_Af Churamiti_maridadi_Af Schismaderma_carens_Af Werneria_mertensi_Af Wolterstorffina_parvipalmata_A ietophrynus_brauni_af ietophrynus_poweri_af ietophrynus_steindachneri_af ietophrynus_gutturalis_af ietophrynus_gracilipes_af ietophrynus_garmani_af ietophrynus_mauritanicus_af Mertensophryne_loveridgei_Af Mertensophryne_lindneri_Af Mertensophryne_micranotis_Af Mertensophryne_taitana_Af Mertensophryne_uzunguensis_Af Rhamphophryne_festae_SA Rhinella_nesiotes_SA Rhinella_cf_margaritifera_SA Rhinella_veraguensis_SA Rhinella_schneideri_SA Rhinella_marina_SA Rhinella_granulosa_SA Rhinella_atacamensis_SA Rhinella_vellardi_SA Anaxyrus_terrestris_NA Anaxyrus_americanus_NA Anaxyrus_californicus_NA Anaxyrus_boreas_NA Incilius_alvarius_NA Incilius_luetkenii_SA Rhaebo_haematiticus_SA Rhaebo_nasicus_SA Nannophryne_cophotis_SA Nannophryne_variegata_SA er er er er Eur Eur er er er er er er er er er er er er er er er Eur Eur Eur Eur er er er er er er er er er er er er er er er er er er er Bufonidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0229; LnL= er er er er Eur Eur Eur er er er er er er er er er er er er er er er er er er Eur Eur Eur er er er er er er er er er er er er er er er

37 Bufonidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0229; LnL= er Nannophryne_variegata_SA er Nannophryne_cophotis_SA er Rhaebo_nasicus_SA er Rhaebo_haematiticus_SA er Incilius_luetkenii_SA er Incilius_alvarius_NA er Anaxyrus_boreas_NA er Anaxyrus_californicus_NA er Anaxyrus_americanus_NA er Anaxyrus_terrestris_NA er Rhinella_vellardi_SA er Rhinella_atacamensis_SA er Rhinella_granulosa_SA er Rhinella_marina_SA er Rhinella_schneideri_SA er Rhinella_veraguensis_SA er Rhinella_cf_margaritifera_SA er Rhinella_nesiotes_SA er Rhamphophryne_festae_SA Mertensophryne_uzunguensis_Af Mertensophryne_taitana_Af Mertensophryne_micranotis_Af Mertensophryne_lindneri_Af Mertensophryne_loveridgei_Af ietophrynus_mauritanicus_af ietophrynus_garmani_af ietophrynus_gracilipes_af ietophrynus_gutturalis_af ietophrynus_steindachneri_af ietophrynus_poweri_af ietophrynus_brauni_af Wolterstorffina_parvipalmata_A Werneria_mertensi_Af Schismaderma_carens_Af Churamiti_maridadi_Af Nectophrynoides_viviparus_Af Nectophrynoides_minutus_Af Nectophrynoides_tornieri_Af Ingerophrynus_divergens_A Ingerophrynus_macrotis_A Ingerophrynus_galeatus_A Pedostibes_hosii_A Phrenoides_juxtasper_A Pseudepidalea_brongersmai_Af Pseudepidalea_cf_surda_A EurPseudepidalea_viridis_Eu Pseudepidalea_cf_variabilis_A Pseudepidalea_cf_pewzowi_A EurEpidalea_calamita_Eu Bufo_gargarizans_A Bufo_andrewsi_A EurBufo_spinosus_Eu Bufo_verrucosissimus_A EurBufo_bufo_Eu Ansonia_ornata_I Pelophryne_misera_A Pelophryne_signata_A Ansonia_hanitschi_A Ansonia_spinulifer_A Ansonia_leptopus_A Ansonia_longidigita_A Leptophryne_borbonica_A Pedostibes_tuberculosus_I Adenomus_kelaartii_I Bufo_koynayensis_I Bufo_sp_I Duttaphrynus_dhufarensis_A Duttaphrynus_stomaticus_I Duttaphrynus_hololius_I Duttaphrynus_crocus_A Duttaphrynus_stuarti_A Duttaphrynus_himalayanus_I Duttaphrynus_atukoralei_I Duttaphrynus_scaber_I Duttaphrynus_sp_b_I Duttaphrynus_sp_c_A Duttaphrynus_brevirostris_I Duttaphrynus_sp_a_I Duttaphrynus_parietalis_I Duttaphrynus_melanostictus_I

38 Crocodylia BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.002; e=0; j=0.0797; LnL= Tomistoma_schlegelii Gavialis_gangeticus Mecistops_cataphractus Osteolaemus_tetraspis_1 Osteolaemus_tetraspis_2 Crocodylus_johnstoni Crocodylus_novaeguineae Crocodylus_mindorensis Crocodylus_porosus Crocodylus_palustris Crocodylus_siamensis Crocodylus_niloticus_2 Crocodylus_niloticus_1 er er Crocodylus_acutus er er er er Crocodylus_intermedius er er er er Crocodylus_rhombifer er er er er Crocodylus_moreletii

39 Crocodylia BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.002; e=0; j=0.0797; LnL= Tomistoma_schlegelii Gavialis_gangeticus Mecistops_cataphractus Osteolaemus_tetraspis_1 Osteolaemus_tetraspis_2 Crocodylus_johnstoni Crocodylus_novaeguineae Crocodylus_mindorensis Crocodylus_porosus Crocodylus_palustris Crocodylus_siamensis Crocodylus_niloticus_2 Crocodylus_niloticus_1 er Crocodylus_acutus er Crocodylus_intermedius er Crocodylus_rhombifer er Crocodylus_moreletii

40 Cyrtodactylus_slowinskii_CAS21 Cyrtodactylus_russelli_CAS2261 Cyrtodactylus_fasciolatum_CES0 Cyrtodactylus_annandalei_CAS21 Cyrtodactylus_feae_USNM Cyrtodactylus_gubernatoris_CES Cyrtodactylus_brevidactylus_CA Cyrtodactylus_chrysopylos_CAS2 Cyrtodactylus_gansi_CAS Cyrtodactylus_ayeyarwadyensis Cyrtodactylus_jarujini_FMNH_HE Cyrtodactylus_chanhomeae_CUMZ2 Cyrtodactylus_angularis Cyrtodactylus_oldhami_JB126 Cyrtodactylus_tigroides_IRSNB2 Cyrtodactylus_yoshii_ZRC24851 Cyrtodactylus_tiomanensis_LSUH Cyrtodactylus_loriae_FK_7709 Cyrtodactylus_novaeguineae_FK1 Cyrtodactylus_sermowaiensis_BP Cyrtodactylus_robustus_BPBM197 Cyrtodactylus_epiroticus_BPBM1 Cyrtodactylus_salomonensis_AMS Geckoella_triedrus_ADS35 Cyrtodactylus_intermedius_FMNH Geckoella_deccanensis_JB7 Geckoella_collegalensis_CES_11 Cyrtodactylus_pulchellus_LSUHC Cyrtodactylus_elok_LSUHC6471 Cyrtodactylus_interdigitalis Cyrtodactylus_irregularis Cyrtodactylus_pubisulcus_LSUHC Cyrtodactylus_philippinicus Cyrtodactylus_malayanus_ID8424 Cyrtodactylus_consobrinus_LLG4 Cyrtodactylus_paradoxus_LSUHC8 Cyrtodactylus_cf_condorensis_L Cyrtodactylus_eisenmanae_LSUHC Cyrtodactylus_grismeri_LSUHC86 Cyrtodactylus_darmandvillei_WA Cyrtodactylus_jellesmae_MVZ239 Cyrtodactylus_marmoratus_TNHC5 Cyrtodactylus_sp_Timor Cyrtodactylus_kimberleyensis Cyrtodactylus_batucolus_LSUHC8 Cyrtodactylus_seribuatensis_LS Cyrtodactylus_pantiensis_LSUHC Cyrtodactylus_semenanjungensis Cyrtodactylus_tuberculatus_CJS Cyrtodactylus_sworderi_LSUHC76 Cyrtodactylus_quadrivirgatus_L Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Cyrtodactylus BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0501; LnL= Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus Aus

41 Cyrtodactylus BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0501; LnL= Cyrtodactylus_quadrivirgatus_L Cyrtodactylus_sworderi_LSUHC76 AusCyrtodactylus_tuberculatus_CJS Cyrtodactylus_semenanjungensis Cyrtodactylus_pantiensis_LSUHC Cyrtodactylus_seribuatensis_LS Cyrtodactylus_batucolus_LSUHC8 AusCyrtodactylus_kimberleyensis Cyrtodactylus_sp_Timor AusCyrtodactylus_marmoratus_TNHC5 Cyrtodactylus_jellesmae_MVZ239 Cyrtodactylus_darmandvillei_WA Cyrtodactylus_grismeri_LSUHC86 Cyrtodactylus_eisenmanae_LSUHC Cyrtodactylus_cf_condorensis_L Cyrtodactylus_paradoxus_LSUHC8 Cyrtodactylus_consobrinus_LLG4 Cyrtodactylus_malayanus_ID8424 Cyrtodactylus_philippinicus Cyrtodactylus_pubisulcus_LSUHC Cyrtodactylus_irregularis Cyrtodactylus_interdigitalis Cyrtodactylus_elok_LSUHC6471 Cyrtodactylus_pulchellus_LSUHC Geckoella_collegalensis_CES_11 Geckoella_deccanensis_JB7 Cyrtodactylus_intermedius_FMNH Geckoella_triedrus_ADS35 AusCyrtodactylus_salomonensis_AMS AusCyrtodactylus_epiroticus_BPBM1 AusCyrtodactylus_robustus_BPBM197 AusCyrtodactylus_sermowaiensis_BP AusCyrtodactylus_novaeguineae_FK1 AusCyrtodactylus_loriae_FK_7709 Cyrtodactylus_tiomanensis_LSUH Cyrtodactylus_yoshii_ZRC24851 Cyrtodactylus_tigroides_IRSNB2 Cyrtodactylus_oldhami_JB126 Cyrtodactylus_angularis Cyrtodactylus_chanhomeae_CUMZ2 Cyrtodactylus_jarujini_FMNH_HE Cyrtodactylus_ayeyarwadyensis Cyrtodactylus_gansi_CAS Cyrtodactylus_chrysopylos_CAS2 Cyrtodactylus_brevidactylus_CA Cyrtodactylus_gubernatoris_CES Cyrtodactylus_feae_USNM Cyrtodactylus_annandalei_CAS21 Cyrtodactylus_fasciolatum_CES0 Cyrtodactylus_russelli_CAS2261 Cyrtodactylus_slowinskii_CAS

42 Chioninia_spinalis_salensis Chioninia_stangeri Mabuya_unimarginata Mabuya_heathi Mabuya_agilis Mabuya_nigropunctata Mabuya_macrorhyncha Trachylepis_polytropis Mabuya_wrightii Trachylepis_hoeschi Trachylepis_spilogaster Trachylepis_striata Trachylepis_albilabris Trachylepis_perrotetii Trachylepis_quinquetaeniata Trachylepis_elegans Trachylepis_aureopunctata Eutropis_dissimilis Dasia_olivacea Dasia_gricea Dasia_vittata Eutropis_rudis Eutropis_macrophtalma Eutropis_multifasciata Eutropis_multifasciata_1 Eutropis_tytleri Eutropis_rugifera_2 Eutropis_rugifera Eutropis_beddomii_CES09_943 Eutropis_trivittata_CES09_976 Eutropis_nagarjuni Eutropis_carinata_CES08_808 Eutropis_carinata_CES08_809 Eutropis_carinata_CES09_849 Eutropis_carinata_CES09_879 Eutropis_multicarinata_boreali Eutropis_cumingi Eutropis_indeprensa Eutropis_bibronii Eutropis_quadricarinata_USNM52 Eutropis_madaraszi_ZFMK15976 Eutropis_clivicola_CESL089 Eutropis_allapallensis_1 Eutropis_allapallensis_2 Eutropis_allapallensis_3 Eutropis_macularia_4 Eutropis_macularia_2 Eutropis_macularia_3 Eutropis_macularia_ er CVerde er er er er CVerde CVerde er er er er er Sey Scincidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0232; LnL= er CVerde er er er er er CVerde CVerde er er er er Sey

43 Scincidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0232; LnL= Eutropis_macularia_1 Eutropis_macularia_3 Eutropis_macularia_2 Eutropis_macularia_4 Eutropis_allapallensis_3 Eutropis_allapallensis_2 Eutropis_allapallensis_1 Eutropis_clivicola_CESL089 Eutropis_madaraszi_ZFMK15976 Eutropis_quadricarinata_USNM52 Eutropis_bibronii Eutropis_indeprensa Eutropis_cumingi Eutropis_multicarinata_boreali Eutropis_carinata_CES09_879 Eutropis_carinata_CES09_849 Eutropis_carinata_CES08_809 Eutropis_carinata_CES08_808 Eutropis_nagarjuni Eutropis_trivittata_CES09_976 Eutropis_beddomii_CES09_943 Eutropis_rugifera Eutropis_rugifera_2 Eutropis_tytleri Eutropis_multifasciata_1 Eutropis_multifasciata Eutropis_macrophtalma Eutropis_rudis Dasia_vittata Dasia_gricea Dasia_olivacea Eutropis_dissimilis Trachylepis_aureopunctata Trachylepis_elegans Trachylepis_quinquetaeniata Trachylepis_perrotetii Trachylepis_albilabris Trachylepis_striata Trachylepis_spilogaster Trachylepis_hoeschi SeyMabuya_wrightii Trachylepis_polytropis er Mabuya_macrorhyncha er Mabuya_nigropunctata er Mabuya_agilis er Mabuya_heathi er Mabuya_unimarginata CVerde Chioninia_stangeri CVerde Chioninia_spinalis_salensis

44 Pseudotrapelus_sinaitus Trapelus_ruderatus Trapelus_persicus Trapelus_sanguinolentus Trapelus_savignii Trapelus_agilis Agama_atra Agama_bibroni Agama_agama Phrynocephalus_interscapularis Phrynocephalus_raddei Phrynocephalus_mystaceus Laudakia_sacra Laudakia_tuberculata Laudakia_nupta Laudakia_stellio Laudakia_himalayana Laudakia_stoliczkana Laudakia_erythrogastra Laudakia_caucasia Laudakia_microlepis Laudakia_lehmanni Hydrosaurus_sp Bronchocela_cristatella Aphaniotis_fusca Gonocephalus_grandis Ceratophora_aspera Ceratophora_stoddartii Lyriocephalus_scutatus Cophotis_ceylanica Salea_horsfieldii Pseudocalotes_brevipes Pseudocalotes_flavigula Japalura_splendida Japalura_flaviceps Acanthosaura_capra Acanthosaura_lepidogastra Calotes_calotes Calotes_liolepis Calotes_nigrilabris Calotes_liocephalus Calotes_ceylonensis Calotes_versicolor Calotes_emma Calotes_mystaceus Sitana_ponticeriana Otocryptis_wiegmanni Japalura_tricarinata Japalura_variegata Draco_blanfordii ica ica ica ica ica ica Acrodonta BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0024; e=0; j=0.038; LnL= ica ica ica ica ica ica

45 Acrodonta BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0024; e=0; j=0.038; LnL= Draco_blanfordii Japalura_variegata Japalura_tricarinata Otocryptis_wiegmanni Sitana_ponticeriana Calotes_mystaceus Calotes_emma Calotes_versicolor Calotes_ceylonensis Calotes_liocephalus Calotes_nigrilabris Calotes_liolepis Calotes_calotes Acanthosaura_lepidogastra Acanthosaura_capra Japalura_flaviceps Japalura_splendida Pseudocalotes_flavigula Pseudocalotes_brevipes Salea_horsfieldii Cophotis_ceylanica Lyriocephalus_scutatus Ceratophora_stoddartii Ceratophora_aspera Gonocephalus_grandis Aphaniotis_fusca Bronchocela_cristatella Hydrosaurus_sp Laudakia_lehmanni Laudakia_microlepis Laudakia_caucasia Laudakia_erythrogastra Laudakia_stoliczkana Laudakia_himalayana Laudakia_stellio Laudakia_nupta Laudakia_tuberculata Laudakia_sacra Phrynocephalus_mystaceus Phrynocephalus_raddei Phrynocephalus_interscapularis icaagama_agama icaagama_bibroni icaagama_atra Trapelus_agilis icatrapelus_savignii Trapelus_sanguinolentus Trapelus_persicus Trapelus_ruderatus Pseudotrapelus_sinaitus

46 Agamidae 2 BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0283; LnL= 4.58 D_obscurus_obscurus D_obscurus_formosus D_taeniopterus D_maximus D_melanopogonM D_melanopogonB D_haematopogonM D_haematopogonB D_quinquefasciatusB D_quinquefasciatusM D_blanfordii D_maculatus_maculatus D_maculatus_haasei D_dussumieri D_volans_sumatranusB D_volans_sumatranusM D_volans_volans D_cornutus D_lineatus_beccarii D_lineatus_spilonotus

47 Agamidae 2 BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0283; LnL= 4.58 D_obscurus_obscurus D_obscurus_formosus D_taeniopterus D_maximus D_melanopogonM D_melanopogonB D_haematopogonM D_haematopogonB D_quinquefasciatusB D_quinquefasciatusM D_blanfordii D_maculatus_maculatus D_maculatus_haasei D_dussumieri D_volans_sumatranusB D_volans_sumatranusM D_volans_volans D_cornutus D_lineatus_beccarii D_lineatus_spilonotus

48 Boidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=5e 04; e=0; j=0.0422; LnL= Eryx_johni Eryx_conicus Eryx_colubrinus Eryx_jayakari r r Candoia_carinata Eunectes_notaeus Epicrates_cenchria Epicrates_striatus Corallus_caninus Boa_constrictor Charina_bottae Lichanura_trivirgata Exiliboa_placata Acrantophis_dumerili Sanzinia_madagascariensis Calabaria_reinhardtii Dinodon Laticauda_colubrina Agkistrodon Gloydius Acrochordus_arafurae Acrochordus_granulatus Acrochordus_javanicus r r Aspidites_melanocephalus r r r r Morelia_spilota Loxocemus_bicolor Xenopeltis_unicolor Cylindrophis_ruffus Tropidophis_haetianus Anilius_scytale

49 Boidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=5e 04; e=0; j=0.0422; LnL= Eryx_johni Eryx_conicus Eryx_colubrinus Eryx_jayakari r Candoia_carinata Eunectes_notaeus Epicrates_cenchria Epicrates_striatus Corallus_caninus Boa_constrictor Charina_bottae Lichanura_trivirgata Exiliboa_placata Acrantophis_dumerili Sanzinia_madagascariensis Calabaria_reinhardtii Dinodon Laticauda_colubrina Agkistrodon Gloydius Acrochordus_arafurae Acrochordus_granulatus Acrochordus_javanicus r Aspidites_melanocephalus r Morelia_spilota Loxocemus_bicolor Xenopeltis_unicolor Cylindrophis_ruffus Tropidophis_haetianus Anilius_scytale

50 Alsophis_portoricensis Cerberus_rhynchops Leioheterodon_madagascariensis Malpolon_monspessulanus Psammophis_condanarus Mimophis_mahfalensis Lamprophis_fuliginosus Ophiophagus_hannah Bungarus_fasciatus Naja_nivea Naja_nigricollis Naja_naja Naja_kaouthia Natrix_natrix Contia_tenuis Diadophis_punctatus Farancia_abacura Elaphe_quatuorlineata Coronella_girondica Macroprotodon_cucullatus Eirenis_modestus Macroprotodon_brevis Hemorrhois_nummifer Hemorrhois_algirus Hemorrhois_hippocrepis Eristicophis_macmahoni Pseudocerastes_fieldi Vipera_ammodytes Daboia_russellii Macrovipera_mauritanica Macrovipera_schweizeri Macrovipera_lebetina Vipera_albizona Vipera_xanthina Echis_carinatus Echis_ocellatus Echis_pyramidum Echis_coloratus Cerastes_cerastes Causus_defilippi Causus_rhombeatus Causus_resimus Proatheris_superciliaris Atheris_squamigera Atheris_ceratophora Atheris_chlorechis Atheris_nitschei Bitis_arietans Bitis_worthingtoni Bitis_nasicornis Bitis_rhinoceros Bitis_gabonica Bitis_peringueyi Bitis_caudalis Bitis_xeropaga Bitis_atropos Bitis_cornuta Bitis_rubida Azemiops_feae Calloselasma_rhodostoma Hypnale_hypnale Tropidolaemus_wagleri Ovophis_chaseni Deinagkistrodon_acutus Trimeresurus_trigonocephalus Trimeresurus_borneensis Trimeresurus_popeorum Trimeresurus_tibetanus Trimeresurus_flavomaculatus Trimeresurus_hageni Trimeresurus_macrops Trimeresurus_medoensis Trimeresurus_insularis Trimeresurus_stejnegeri Triceratolepidophis_sieversoru Ermia_mangshanensis Protobothrops_cornutus Protobothrops_mucrosquamatus Protobothrops_flavoviridis Ovophis_monticola Gloydius_shedaoensis Gloydius_strauchii Ovophis_okinavensis Trimeresurus_gracilis Ophryacus_melanurus Lachesis_stenophrys Lachesis_muta Agkistrodon_piscivorus Agkistrodon_contortrix Sistrurus_catenatus Sistrurus_miliarius Sistrurus_ravus Crotalus_durissus Crotalus_tigris Crotalus_adamanteus Porthidium_hyoprora Bothrops_alternatus Bothrops_diporus Bothrops_asper Bothriopsis_taeniata Bothriechis_schlegelii Bothriechis_aurifer Bothriechis_nigroviridis Cerrophidion_godmani Atropoides_olmec Atropoides_picadoi Porthidium_ophryomegas Porthidium_lansbergii Porthidium_nasutum Porthidium_arcosae Aus Viperidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=7e 04; e=0; j=0.0211; LnL= Aus

51 Alsophis_portoricensis Cerberus_rhynchops Leioheterodon_madagascariensis Malpolon_monspessulanus Psammophis_condanarus Mimophis_mahfalensis Lamprophis_fuliginosus Ophiophagus_hannah Bungarus_fasciatus Naja_nivea Naja_nigricollis Naja_naja Naja_kaouthia Natrix_natrix Contia_tenuis Diadophis_punctatus Farancia_abacura Elaphe_quatuorlineata Coronella_girondica Macroprotodon_cucullatus Eirenis_modestus Macroprotodon_brevis Hemorrhois_nummifer Hemorrhois_algirus Hemorrhois_hippocrepis Eristicophis_macmahoni Pseudocerastes_fieldi Vipera_ammodytes Daboia_russellii Macrovipera_mauritanica Macrovipera_schweizeri Macrovipera_lebetina Vipera_albizona Vipera_xanthina Echis_carinatus Echis_ocellatus Echis_pyramidum Echis_coloratus Cerastes_cerastes Causus_defilippi Causus_rhombeatus Causus_resimus Proatheris_superciliaris Atheris_squamigera Atheris_ceratophora Atheris_chlorechis Atheris_nitschei Bitis_arietans Bitis_worthingtoni Bitis_nasicornis Bitis_rhinoceros Bitis_gabonica Bitis_peringueyi Bitis_caudalis Bitis_xeropaga Bitis_atropos Bitis_cornuta Bitis_rubida Azemiops_feae Calloselasma_rhodostoma Hypnale_hypnale Tropidolaemus_wagleri Ovophis_chaseni Deinagkistrodon_acutus Trimeresurus_trigonocephalus Trimeresurus_borneensis Trimeresurus_popeorum Trimeresurus_tibetanus Trimeresurus_flavomaculatus Trimeresurus_hageni Trimeresurus_macrops Trimeresurus_medoensis Trimeresurus_insularis Trimeresurus_stejnegeri Triceratolepidophis_sieversoru Ermia_mangshanensis Protobothrops_cornutus Protobothrops_mucrosquamatus Protobothrops_flavoviridis Ovophis_monticola Gloydius_shedaoensis Gloydius_strauchii Ovophis_okinavensis Trimeresurus_gracilis Ophryacus_melanurus Lachesis_stenophrys Lachesis_muta Agkistrodon_piscivorus Agkistrodon_contortrix Sistrurus_catenatus Sistrurus_miliarius Sistrurus_ravus Crotalus_durissus Crotalus_tigris Crotalus_adamanteus Porthidium_hyoprora Bothrops_alternatus Bothrops_diporus Bothrops_asper Bothriopsis_taeniata Bothriechis_schlegelii Bothriechis_aurifer Bothriechis_nigroviridis Cerrophidion_godmani Atropoides_olmec Atropoides_picadoi Porthidium_ophryomegas Porthidium_lansbergii Porthidium_nasutum Porthidium_arcosae Aus Viperidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=7e 04; e=0; j=0.0211; LnL=

52 Certhiidae BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.1046; e=0; j=0; LnL= Certhia_hodgsoni_MAR_3328 Certhia_hodgsoni_MAR_3140 Certhia_familiaris_MAR_90351 Certhia_familiaris_MAR_4958 Certhia_brachydactyla_MAR_4004 Certhia_brachydactyla_MAR_1025 Certhia_americana_MAR_1048 Certhia_himalayana_MAR_3318 Certhia_himalayana_MAR_3241 Certhia_discolor_MAR_2657 Certhia_manipurensis_MAR_4554 Certhia_tianquanensis_MAR_4936 Certhia_nipalensis_MAR_

53 Certhiidae BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.1046; e=0; j=0; LnL= Certhia_hodgsoni_MAR_3328 Certhia_hodgsoni_MAR_3140 Certhia_familiaris_MAR_90351 Certhia_familiaris_MAR_4958 Certhia_brachydactyla_MAR_4004 Certhia_brachydactyla_MAR_1025 Certhia_americana_MAR_1048 Certhia_himalayana_MAR_3318 Certhia_himalayana_MAR_3241 Certhia_discolor_MAR_2657 Certhia_manipurensis_MAR_4554 Certhia_tianquanensis_MAR_4936 Certhia_nipalensis_MAR_

54 Aegithalidae BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0344; e=0.0097; j=0; LnL= Aegithalos_bonvaloti_bonv31_03 Aegithalos_fuliginosus_809 Aegithalos_iouschistos_iouschi Aegithalos_sharpei_shar33_5088 Aegithalos_niveogularis_nive35 Aegithalos_glaucogularis_MAR_7 Aegithalos_caudatus_taiti_caud Aegithalos_concinnus_iredalei_ Aegithalos_concinnus_manipuren Aegithalos_concinnus_voucher_M Aegithalos_leucogenys_leuc37_0 Psaltriparus_minimus_minimus_p Psaltriparus_minimus_plumbeus_ Leptopoecile_sophiae_soph43_02 Leptopoecile_elegans_eleg42_

55 Aegithalidae BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0344; e=0.0097; j=0; LnL= Aegithalos_bonvaloti_bonv31_03 Aegithalos_fuliginosus_809 Aegithalos_iouschistos_iouschi Aegithalos_sharpei_shar33_5088 Aegithalos_niveogularis_nive35 Aegithalos_glaucogularis_MAR_7 Aegithalos_caudatus_taiti_caud Aegithalos_concinnus_iredalei_ Aegithalos_concinnus_manipuren Aegithalos_concinnus_voucher_M Aegithalos_leucogenys_leuc37_0 Psaltriparus_minimus_minimus_p Psaltriparus_minimus_plumbeus_ Leptopoecile_sophiae_soph43_02 Leptopoecile_elegans_eleg42_

56 Paridae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0493; e=0; j=0.0566; LnL= Periparus_ater_ptilosus Periparus_ater_eckodedicatus_M Periparus_ater_aemodius Periparus_ater_ater_MAR_692 Periparus_ater_melanolophus_MA ica icaperiparus_ater_atlas_mar_4008 Periparus_ater_abietum_MAR_267 Parus_rubidiventris_beavani_MA Parus_rubidiventris_rubidivent Parus_rubidiventris_whistleri_ Parus_rufonuchalis_MAR_90131 Periparus_elegans_Philippines Parus_venustulus_MAR_2033 Parus_amabilis_MCZ_94997 Parus_elegans_mindanensis_FMNH

57 Paridae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0493; e=0; j=0.0566; LnL= Periparus_ater_ptilosus Periparus_ater_eckodedicatus_M Periparus_ater_aemodius Periparus_ater_ater_MAR_692 Periparus_ater_melanolophus_MA icaperiparus_ater_atlas_mar_4008 Periparus_ater_abietum_MAR_267 Parus_rubidiventris_beavani_MA Parus_rubidiventris_rubidivent Parus_rubidiventris_whistleri_ Parus_rufonuchalis_MAR_90131 Periparus_elegans_Philippines Parus_venustulus_MAR_2033 Parus_amabilis_MCZ_94997 Parus_elegans_mindanensis_FMNH

58 Garrulax_striatus_3670 Garrulax_subunicolor_T0289 Garrulax_squamatus_GLGS1833 Garrulax_lineatus_90145 Garrulax_milnei_1757 Garrulax_erythrocephalus_2654 Garrulax_formosus_2240 Garrulax_erythrocephalus_5495 Garrulax_variegatus_4113 Garrulax_affinis_1860 Garrulax_elliotii_804 Garrulax_morrisonianus_92006 Turdoides_squamiceps_2245 Turdoides_bicolor Turdoides_reinwardtii_1744 Garrulax_cineraceus_4921 Garrulax_sukatschewi_5828 Garrulax_lunulatus_lunulatus Garrulax_ocellatus_90049 Garrulax_maximus_2828 Garrulax_monileger_1780 Garrulax_canorus_taewanus_T079 Garrulax_canorus_762 Garrulax_canorus_owstoni_T951 Garrulax_strepitans_3756 Garrulax_milleti Garrulax_leucolophus_549 Garrulax_leucolophus Garrulax_chinensis_1753 Garrulax_courtoisi_1771 Garrulax_sannio_sannio Garrulax_perspicillatus Garrulax_pectoralis_picticolli Garrulax_davidi_389 Babax_lanceolatus_2230 Garrulax_albogularis_eous Garrulax_albogularis_ruficeps Garrulax_caerulatus_4531 Garrulax_poecilorhynchus_1840 Garrulax_poecilorhynchus_berth Af Af Af Af Timaliidae BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0345; e=0; j=0; LnL= Af Af Af

59 Timaliidae BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0345; e=0; j=0; LnL= Garrulax_poecilorhynchus_berth Garrulax_poecilorhynchus_1840 Garrulax_caerulatus_4531 Garrulax_albogularis_ruficeps Garrulax_albogularis_eous Babax_lanceolatus_2230 Garrulax_davidi_389 Garrulax_pectoralis_picticolli Garrulax_perspicillatus Garrulax_sannio_sannio Garrulax_courtoisi_1771 Garrulax_chinensis_1753 Garrulax_leucolophus Garrulax_leucolophus_549 Garrulax_milleti Garrulax_strepitans_3756 Garrulax_canorus_owstoni_T951 Garrulax_canorus_762 Garrulax_canorus_taewanus_T079 Garrulax_monileger_1780 Garrulax_maximus_2828 Garrulax_ocellatus_90049 Garrulax_lunulatus_lunulatus Garrulax_sukatschewi_5828 Garrulax_cineraceus_4921 Af Turdoides_reinwardtii_1744 Af Turdoides_bicolor Turdoides_squamiceps_2245 Garrulax_morrisonianus_92006 Garrulax_elliotii_804 Garrulax_affinis_1860 Garrulax_variegatus_4113 Garrulax_erythrocephalus_5495 Garrulax_formosus_2240 Garrulax_erythrocephalus_2654 Garrulax_milnei_1757 Garrulax_lineatus_90145 Garrulax_squamatus_GLGS1833 Garrulax_subunicolor_T0289 Garrulax_striatus_

60 Pyrrhula BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.1031; e=0; j=0; LnL= Pinicola_enucleator_enucleator Pyrrhula_nipalensis_ricketti_P Pyrrhula_leucogenis_leucogenis Pyrrhula_leucogenis_steerei_Pl Pyrrhula_aurantiaca_Paur6 Pyrrhula_erythaca_owstoni_Pery Pyrrhula_erythrocephala_Perc3 Pyrrhula_erythaca_erythaca_Per Af Af Pyrrhula_murina_Pmur1 Af Pyrrhula_pyrrhula_griseiventri Pyrrhula_pyrrhula_europoea_Ppy Pyrrhula_pyrrhula_cineracea_Pc

61 Pyrrhula BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.1031; e=0; j=0; LnL= Pinicola_enucleator_enucleator Pyrrhula_nipalensis_ricketti_P Pyrrhula_leucogenis_leucogenis Pyrrhula_leucogenis_steerei_Pl Pyrrhula_aurantiaca_Paur6 Pyrrhula_erythaca_owstoni_Pery Pyrrhula_erythrocephala_Perc3 Pyrrhula_erythaca_erythaca_Per Af Pyrrhula_murina_Pmur1 Pyrrhula_pyrrhula_griseiventri Pyrrhula_pyrrhula_europoea_Ppy Pyrrhula_pyrrhula_cineracea_Pc

62 Psittacula BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0707; e=0; j=0.1075; LnL= Psittacula_krameri_manillensis Psittacula_krameri_manillensis Psittacula_krameri_manillensis Psittacula_krameri_borealis Psittacula_echo Psittacula_krameri_1 Psittacula_krameri_krameri_2 Psittacula_alexandri_2 Psittacula_alexandri_1 Psittacula_derbiana Psittacula_longicauda Psittacula_columboides Psittacula_eupatria Psittacula_himalayana Psittacula_cyanocephala Psittacula_roseata Eclectus_roratus_roratus

63 Psittacula BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0707; e=0; j=0.1075; LnL= Psittacula_krameri_manillensis Psittacula_krameri_manillensis Psittacula_krameri_manillensis Psittacula_krameri_borealis Psittacula_echo Psittacula_krameri_1 Psittacula_krameri_krameri_2 Psittacula_alexandri_2 Psittacula_alexandri_1 Psittacula_derbiana Psittacula_longicauda Psittacula_columboides Psittacula_eupatria Psittacula_himalayana Psittacula_cyanocephala Psittacula_roseata Eclectus_roratus_roratus

64 Nisaetus (Accipitridae) BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.3846; e=0; j=0; LnL= Nisaetus_cirrhatus_limnaeetus_ Nisaetus_cirrhatus_vanheurni_S Nisaetus_cirrhatus_limnaeetus_ Nisaetus_cirrhatus_limnaeetus_ Nisaetus_cirrhatus_andamanensi Nisaetus_cirrhatus_floris_Scir Nisaetus_cirrhatus_cirrhatus_S Nisaetus_cirrhatus_ceylanensis Nisaetus_pinskeri_Sphipin8 Nisaetus_philippensis_Sphiphi2 Nisaetus_lanceolatus_Slan

65 Nisaetus (Accipitridae) BioGeoBEARS DEC ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.3846; e=0; j=0; LnL= Nisaetus_cirrhatus_limnaeetus_ Nisaetus_cirrhatus_vanheurni_S Nisaetus_cirrhatus_limnaeetus_ Nisaetus_cirrhatus_limnaeetus_ Nisaetus_cirrhatus_andamanensi Nisaetus_cirrhatus_floris_Scir Nisaetus_cirrhatus_cirrhatus_S Nisaetus_cirrhatus_ceylanensis Nisaetus_pinskeri_Sphipin8 Nisaetus_philippensis_Sphiphi2 Nisaetus_lanceolatus_Slan

66 Sciuridae, Pteromyini BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0048; e=0; j=0.1439; LnL= Ark Ark Aeretes_melanopterus Ark Ark Ark Ark Trogopterus_xanthipes Belomys_pearsonii Pteromyscus_pulverulentus Aeromys_tephromelas Ark Ark Eupetaurus_cinereus Ark Ark Pteromys_volans Petaurista_petaurista Petaurista_alborufus Ark Ark Petaurista_leucogenys Hylopetes_phayrei Petaurillus_kinlochii Petinomys_setosus Iomys_horsfieldi er er Glaucomys_volans Eoglaucomys_fimbriatus

67 Sciuridae, Pteromyini BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0.0048; e=0; j=0.1439; LnL= Ark Aeretes_melanopterus Ark Trogopterus_xanthipes Belomys_pearsonii Pteromyscus_pulverulentus Aeromys_tephromelas Eupetaurus_cinereus Ark Pteromys_volans Petaurista_petaurista Petaurista_alborufus Ark Petaurista_leucogenys Hylopetes_phayrei Petaurillus_kinlochii Petinomys_setosus Iomys_horsfieldi er Glaucomys_volans Eoglaucomys_fimbriatus

68 Tragulus_kanchil Hyemoschus_aquaticus Antilocapra_americana Okapia_johnstoni Giraffa_camelopardalis_antiquo Giraffa_camelopardalis_angolen Alces_alces Hydropotes_inermis Capreolus_capreolus Rangifer_tarandus_NC Pudu_puda Blastocerus_dichotomus Mazama_nemorivaga_1 Mazama_nemorivaga_2 Ozotoceros_bezoarcticus Mazama_gouazoubira Hippocamelus_antisensis Pudu_mephistophiles Mazama_rufina Odocoileus_virginianus_2 Mazama_americana_2 Mazama_americana_1 Odocoileus_virginianus_1 Odocoileus_hemionus Odocoileus_virginianus_3 Elaphodus_cephalophus_N Muntiacus_crinifrons_NC Muntiacus_muntjak_NC Muntiacus_reevesi_NC Muntiacus_vuquangensis Rucervus_duvauceli Axis_porcinus Axis_axis Dama_dama_dama Dama_dama_mesopotamica Rucervus_eldi Elaphurus_davidianus Rusa_alfredi Rusa_unicolor_NC Rusa_timorensis Cervus_elaphus_NC Przewalskium_albirostris Cervus_nippon_taiouanus_NC0084 Cervus_nippon_yakushimae_NC007 Cervus_nippon_centralis_NC0069 Moschus_moschiferus Moschus_berezovskii_NC Tetracerus_quadricornis Boselaphus_tragocamelus Tragelaphus_imberbis Tragelaphus_angasii Tragelaphus_scriptus_1 Tragelaphus_strepsiceros Tragelaphus_oryx Tragelaphus_derbianus Tragelaphus_scriptus_2 Tragelaphus_scriptus_3 Tragelaphus_spekii Tragelaphus_eurycerus Pseudoryx_nghetinhensis Syncerus_caffer Bubalus_bubalis_carabanesis Bubalus_bubalis_bubalis_AF5472 Bubalus_depressicornis Bison_bonasus Bos_taurus_taurus_EU Bos_taurus_indicus_EU Bos_grunniens_NC Bison_bison Bos_javanicus_birmanicus Bos_javanicus_javanicus Bos_gaurus Aepyceros_melampus Neotragus_batesi Nesotragus_moschatus Procapra_gutturosa Rahicerus_campestris Dorcatragus_megalotis oqua_kirkii oqua_saltiana Ourebia_ourebi Saiga_tatarica Antidorcas_marsupialis Litocranius_walleri Antilope_cervicapra Eudorcas_rufifrons_1 Eudorcas_rufifrons_2 Nanger_granti Nanger_dama Nanger_soemmerringii Gazella_spekei Gazella_gazella_gazella Gazella_gazella_erlangeri Gazella_dorcas_pelzelnii Gazella_dorcas_osiris Gazella_bennettii Gazella_subgutturosa_subguttur Gazella_subgutturosa_marica Gazella_leptoceros Gazella_cuvieri Pelea_capreolus Kobus_leche Kobus_ellipsiprymnus Redunca_arundinum Redunca_fulvorufula Oreotragus_oreotragus Philantomba_maxwelli Philantomba_monticola_2 Philantomba_monticola_1 Sylvicapra_grimmia Cephalophus_dorsalis Cephalophus_jentinki Cephalophus_spadix Cephalophus_silvicultor Cephalophus_adersi Cephalophus_leucogaster Cephalophus_natalensis Cephalophus_rufilatus Cephalophus_nigrifrons Cephalophus_callipygus_3 Cephalophus_ogilbyi Cephalophus_callipygus_1 Cephalophus_callipygus_2 Connochaetes_taurinus_1 Connochaetes_taurinus_2 Connochaetes_gnou Damaliscus_pygargus_FJ Alcelaphus_buselaphus_buselaph Alcelaphus_buselaphus_lichtens Hippotragus_equinus Hippotragus_niger Addax_nasomaculatus Oryx_beisa Oryx_gazella Oryx_leucoryx Oryx_dammah Pantholops_hodgsonii_NC Ovibos_moschatus_FJ Capricornis_crispus_FJ Capricornis_swinhoei_NC Capricornis_milneedwardsii_FJ2 Naemorhedus_griseus_griseus_FJ Naemorhedus_griseus_evansi Naemorhedus_baileyi Ovis_aries_NC Oreamnos_americanus_FJ motragus_lervia_fj Arabitragus_jayakari_FJ Rupicapra_rupicapra_FJ Rupicapra_pyrenaica_FJ Budorcas_taxicolor_FJ Pseudois_nayaur_FJ Hemitragus_jemlahicus_FJ Capra_sibirica_FJ Capra_nubiana_FJ Capra_pyrenaica_FJ Capra_ibex_FJ Capra_caucasica Capra_hircus Capra_falconeri_FJ Ruminantia BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=0.0027; e=0; j=0.022; LnL=

69 Tragulus_kanchil Hyemoschus_aquaticus Antilocapra_americana Okapia_johnstoni Giraffa_camelopardalis_antiquo Giraffa_camelopardalis_angolen Alces_alces Hydropotes_inermis Capreolus_capreolus Rangifer_tarandus_NC Pudu_puda Blastocerus_dichotomus Mazama_nemorivaga_1 Mazama_nemorivaga_2 Ozotoceros_bezoarcticus Mazama_gouazoubira Hippocamelus_antisensis Pudu_mephistophiles Mazama_rufina Odocoileus_virginianus_2 Mazama_americana_2 Mazama_americana_1 Odocoileus_virginianus_1 Odocoileus_hemionus Odocoileus_virginianus_3 Elaphodus_cephalophus_N Muntiacus_crinifrons_NC Muntiacus_muntjak_NC Muntiacus_reevesi_NC Muntiacus_vuquangensis Rucervus_duvauceli Axis_porcinus Axis_axis Dama_dama_dama Dama_dama_mesopotamica Rucervus_eldi Elaphurus_davidianus Rusa_alfredi Rusa_unicolor_NC Rusa_timorensis Cervus_elaphus_NC Przewalskium_albirostris Cervus_nippon_taiouanus_NC0084 Cervus_nippon_yakushimae_NC007 Cervus_nippon_centralis_NC0069 Moschus_moschiferus Moschus_berezovskii_NC Tetracerus_quadricornis Boselaphus_tragocamelus Tragelaphus_imberbis Tragelaphus_angasii Tragelaphus_scriptus_1 Tragelaphus_strepsiceros Tragelaphus_oryx Tragelaphus_derbianus Tragelaphus_scriptus_2 Tragelaphus_scriptus_3 Tragelaphus_spekii Tragelaphus_eurycerus Pseudoryx_nghetinhensis Syncerus_caffer Bubalus_bubalis_carabanesis Bubalus_bubalis_bubalis_AF5472 Bubalus_depressicornis Bison_bonasus Bos_taurus_taurus_EU Bos_taurus_indicus_EU Bos_grunniens_NC Bison_bison Bos_javanicus_birmanicus Bos_javanicus_javanicus Bos_gaurus Aepyceros_melampus Neotragus_batesi Nesotragus_moschatus Procapra_gutturosa Rahicerus_campestris Dorcatragus_megalotis oqua_kirkii oqua_saltiana Ourebia_ourebi Saiga_tatarica Antidorcas_marsupialis Litocranius_walleri Antilope_cervicapra Eudorcas_rufifrons_1 Eudorcas_rufifrons_2 Nanger_granti Nanger_dama Nanger_soemmerringii Gazella_spekei Gazella_gazella_gazella Gazella_gazella_erlangeri Gazella_dorcas_pelzelnii Gazella_dorcas_osiris Gazella_bennettii Gazella_subgutturosa_subguttur Gazella_subgutturosa_marica Gazella_leptoceros Gazella_cuvieri Pelea_capreolus Kobus_leche Kobus_ellipsiprymnus Redunca_arundinum Redunca_fulvorufula Oreotragus_oreotragus Philantomba_maxwelli Philantomba_monticola_2 Philantomba_monticola_1 Sylvicapra_grimmia Cephalophus_dorsalis Cephalophus_jentinki Cephalophus_spadix Cephalophus_silvicultor Cephalophus_adersi Cephalophus_leucogaster Cephalophus_natalensis Cephalophus_rufilatus Cephalophus_nigrifrons Cephalophus_callipygus_3 Cephalophus_ogilbyi Cephalophus_callipygus_1 Cephalophus_callipygus_2 Connochaetes_taurinus_1 Connochaetes_taurinus_2 Connochaetes_gnou Damaliscus_pygargus_FJ Alcelaphus_buselaphus_buselaph Alcelaphus_buselaphus_lichtens Hippotragus_equinus Hippotragus_niger Addax_nasomaculatus Oryx_beisa Oryx_gazella Oryx_leucoryx Oryx_dammah Pantholops_hodgsonii_NC Ovibos_moschatus_FJ Capricornis_crispus_FJ Capricornis_swinhoei_NC Capricornis_milneedwardsii_FJ2 Naemorhedus_griseus_griseus_FJ Naemorhedus_griseus_evansi Naemorhedus_baileyi Ovis_aries_NC Oreamnos_americanus_FJ motragus_lervia_fj Arabitragus_jayakari_FJ Rupicapra_rupicapra_FJ Rupicapra_pyrenaica_FJ Budorcas_taxicolor_FJ Pseudois_nayaur_FJ Hemitragus_jemlahicus_FJ Capra_sibirica_FJ Capra_nubiana_FJ Capra_pyrenaica_FJ Capra_ibex_FJ Capra_caucasica Capra_hircus Capra_falconeri_FJ Ruminantia BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 3 areas max. d=0.0027; e=0; j=0.022; LnL=

70 Herpestidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0555; LnL= Herpestes_javanicus_MNHN_TC472 Herpestes_auropunctatus_MNHN_T Herpestes_edwardsii_MNHN_TC144 Herpestes_fuscus_AMNH Herpestes_urva_FMNH_39355 Herpestes_vitticollis Herpestes_smithii_AMNH_ Herpestes_brachyurus_MNHN_TC42 Atilax_paludinosus Herpestes_naso Bdeogale_nigripes Bdeogale_crassicauda Rhynchogale_melleri Paracynictis_selousi Cynictis_penicillata Ichneumia_albicauda Galerella_pulverulenta Galerella_sanguinea Eur EurHerpestes_ichneumon Helogale_hirtula Helogale_parvula Crossarchus_alexandri Crossarchus_obscurus Mungos_mungo Liberiictis_kuhni Suricata_suricatta

71 Herpestidae BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0555; LnL= Herpestes_javanicus_MNHN_TC472 Herpestes_auropunctatus_MNHN_T Herpestes_edwardsii_MNHN_TC144 Herpestes_fuscus_AMNH Herpestes_urva_FMNH_39355 Herpestes_vitticollis Herpestes_smithii_AMNH_ Herpestes_brachyurus_MNHN_TC42 Atilax_paludinosus Herpestes_naso Bdeogale_nigripes Bdeogale_crassicauda Rhynchogale_melleri Paracynictis_selousi Cynictis_penicillata Ichneumia_albicauda Galerella_pulverulenta Galerella_sanguinea EurHerpestes_ichneumon Helogale_hirtula Helogale_parvula Crossarchus_alexandri Crossarchus_obscurus Mungos_mungo Liberiictis_kuhni Suricata_suricatta

72 Scandentia BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0421; LnL= Tupaia_belangeri_b Tupaia_belangeri_c Tupaia_glis_a Tupaia_belangeri_g Tupaia_longipes Tupaia_chrysogaster Phil PhilUrogale_everetti Tupaia_splendidula_a Tupaia_montana Tupaia_picta Tupaia_tana_a Tupaia_minor_a Phil PhilTupaia_palawanensis Tupaia_moellendorffi Tupaia_nicobarica Tupaia_javanica Tupaia_dorsalis_a Tupaia_gracilis Anathana_ellioti Dendrogale_murina_a Dendrogale_melanura Ptilocercus_lowii_a

73 Scandentia BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0421; LnL= Tupaia_belangeri_b Tupaia_belangeri_c Tupaia_glis_a Tupaia_belangeri_g Tupaia_longipes Tupaia_chrysogaster PhilUrogale_everetti Tupaia_splendidula_a Tupaia_montana Tupaia_picta Tupaia_tana_a Tupaia_minor_a PhilTupaia_palawanensis Tupaia_moellendorffi Tupaia_nicobarica Tupaia_javanica Tupaia_dorsalis_a Tupaia_gracilis Anathana_ellioti Dendrogale_murina_a Dendrogale_melanura Ptilocercus_lowii_a

74 Cercopithecidae (Colobinae) BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0138; LnL= 7.06 Trachypithecus_phayrei_I1 Trachypithecus_obscurus AY519462_Trachypithecus_barbei EF465123_Trachypithecus_auratu EF465127_Trachypithecus_auratu Trachypithecus_cristatus Trachypithecus_crepuscula_V1 EU004475_Trachypithecus_laotum Trachypithecus_francoisi Trachypithecus_johnii_NL1 Semnopithecus_entellus_S3 Semnopithecus_entellus_S2 Semnopithecus_entellus Trachypithecus_vetulus Trachypithecus_geei Trachypithecus_pileatus NC_018063_Pygathrix_cinerea AF295582_Pygathrix_nemaeus AF020413_Pygathrix_bieti Nasalis_larvatus JF295105_Presbytis_melalophos_ Procolobus_badius Procolobus_verus Colobus_guereza

75 Cercopithecidae (Colobinae) BioGeoBEARS DEC+J ancstates: global optim, 2 areas max. d=0; e=0; j=0.0138; LnL= 7.06 Trachypithecus_phayrei_I1 Trachypithecus_obscurus AY519462_Trachypithecus_barbei EF465123_Trachypithecus_auratu EF465127_Trachypithecus_auratu Trachypithecus_cristatus Trachypithecus_crepuscula_V1 EU004475_Trachypithecus_laotum Trachypithecus_francoisi Trachypithecus_johnii_NL1 Semnopithecus_entellus_S3 Semnopithecus_entellus_S2 Semnopithecus_entellus Trachypithecus_vetulus Trachypithecus_geei Trachypithecus_pileatus NC_018063_Pygathrix_cinerea AF295582_Pygathrix_nemaeus AF020413_Pygathrix_bieti Nasalis_larvatus JF295105_Presbytis_melalophos_ Procolobus_badius Procolobus_verus Colobus_guereza

76 Supplementary Figure 2 Suppl. Fig. 2 Example for the translation of credibility intervals of dispersal time estimation into the maximal number of observed dispersal events per Ma. The credibility intervals for the time points of dispersal for three events overlap such that the MDE increases from one to two between 0 and 2 Ma, peaks between 2 and 3 Ma and drops down to one after 3 Ma. 2

77 Supplementary Figure 3 Suppl. Fig. 3 Raw maximal dispersal events (MDE) before smoothing: Dispersal from mainland to (orange), from to mainland (blue), and in both directions (black). 3

78 Supplementary Figure 4 Suppl. Fig. 4 Influence of taxon sampling on maximal dispersal rate. To account for a bias against more recent dispersal events due to increasing incomplete taxon sampling towards the present, we removed maximal dispersal events (MDE) with an age <7 Ma from the subsequent analyses based on the comparison of MDE between birds and other taxon groups (plants, arthropods, teleosts, amphibians, non-avian reptiles and mammals) with a less complete sampling (data not smoothed, dispersal rates for non-avian taxa not cumulative). 4