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Marjory Bradley
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1 Appendix S1. Voucher specimens from which tissues were obtained for molecular data. We thank the many collectors, institutions, curators and collection managers for providing tissue samples and/or facilitating our access to them, including: C. Austin and D. Dittman (Louisiana State University Museum of Natural Science; LSU); D. Cannatella (Texas Natural History Collection; TNHC); J. Gauthier (Yale Peabody Museum; YPM); S. B. Hedges; M. Kearney, A. Resetar, and H. Voris (Field Museum of Natural History; FMNH); M. S. Y. Lee (South Australian Museum; SAM); C.L. Parkinson; J.Q. Richmond; J. Vindum (California Academy of Sciences; CAS); and D.A. Wood. Nonstandard abbreviations include the following: AEH (Allan E. Hebert field series); AMB (Aaron M. Bauer field series); APR (Achille P. Raselimanana field series); ATOL (Assembling the Tree of Life voucher series); BPN (Brice P. Noonan field series); CLP (Christopher L. Parkinson field series); DWCT (Durrell Wildlife Conservation Trust); HCD (Herbert C. Dessauer); ISIS (International Species Information System); JAM (Jimmy A. McGuire field series); JQR (Jonathan Q. Richmond field series); LG (Lee Grismer field series); LJA (Luciano J. Avila field series); MCB (Matthew C. Brandley field series); OR (Oliver Ryder, San Diego Zoo); RAN (Ronald A. Nussbaum field series); REE (Richard E. Etheridge field series); RLB (Robert L. Bezy field series); SBH (S. Blair Hedges field series); SDZoo (San Diego Zoo Series); TNE (Tag N. Engstrom field series); TWR (Tod W. Reeder field series); WES (Walter E. Schargel field series); ZA (Zoo Atlanta). Species Homo sapiens Mus musculus Voucher specimens OUTGROUP TAXA from GenBank from GenBank

2 Alligator mississippiensis ATOL 151 Chelydra serpentina TWR 2114 Crocodylus porosus ATOL 152 Dromaius novaehollandiae SDSU 2143 Gallus gallus from GenBank Podocnemis expansa TNE 1255 Sphenodon punctatus ISIS Tachyglossus aculeatus OR 1448 INGROUP (SQUAMATE) TAXA Acanthosaura lepidogaster CAS Acontias meleagris ATOL68 No voucher Acrochordus granulatus FMNH Aeluroscalobates felinus LG 6115 Afronatrix anoscopus ATOL A111 Agama agama ROM Agkistrodon contortrix LSU H0607 Alopoglossus angulatum LSU-H12975 Amphiesma stolata FMNH Amphiglossus splendidus UMMZ Amphisbaena fuliginosa BPN 988 Anelytropsis papillosus MZFC Anilius scytale WES 561 Anniella pulchra TNHC Anolis carolinensis LSUMZ H0503 Aparallactus werneri FMNH Aspidites melanocephalus SAM-AR54474 Aspidoscelis tigris SDSU 4350 Atractaspis irregularis MVZ Azemiops feae CLP 157 Basiliscus basiliscus TOMH Bipes biporus MVZ Bipes canaliculatus TNHC Boa constrictor AEH 040 (no voucher) Bothrops asper MZUCR Brachylophus fasciatus SDZoo Brachymeles gracilis TNHC Brookesia brygooi APR Calabaria reinhardtii CAS , UTA Callopistes maculates YPM Calotes emma CAS Casarea dussumieri DWCT R228 Causus defillippi CM Celestus enneagrammus UTA R12215 Chalarodon madagascariensis YPM12866 Chamaeleo calyptratus MVZ

3 Chelosania brunnea ABTC Chlamydosaurus kingii ABTC Coleonyx variegatus TWR 1925 Colobosaura modesta ESTR 115 Coluber constrictor SDSU 3929 Cordylosaurus subtesselatus AMB 6860 Cordylus mossambicus SDSU 4354 Corytophanes cristatus WL 8961 Cricosaura typica MVZ Crotaphytus collaris TWR 0661 Ctenophorus isolepis ABTC Cylindrophis rufus FMNH Daboia russelli CAS Delma borea SAMAR Diadophis punctatus FMNH Dibamus novaeguineae LSUMZ H9546 Diplometopon zarudnyi CAS Dipsosaurus dorsalis TWR 1146 Draco blanfordii CAS Elgaria multicarinata SDSU 3858 Enyalioides laticeps KU Epicrates striatus SBH Eryx colubrinus ATOL A103 Eublepharis macularius ATOL 46 No voucher Eugongylus rufescens ABTC Eumeces schneideri SDSU 4032 Exiliboa placata UTA Feylinia polylepis CAS Gambelia wislizenii TWR 1965 Gekko gecko SDSU 3896 Geocalamus acutus FMNH Gonatodes albogularis AEH 003 Heloderma horridum FMNH Heloderma suspectum ISIS Heterodon platyrhinos TNHC 57961, YPM Homalopsis buccata FMNH Hydrosaurus sp JAM 848 Hypsilurus boydi ABTC Imantodes cenchoa BYU 48661, LACM Lacerta viridis YPM Lachesis muta ATOL A140 Lampropeltis getula SDSU 4351 Lamprophis fuliginosus FMNH Lanthanotus borneensis ISIS Laticauda colubrina AMS-R124800

4 Leiocephalus barahonensis SBH Leiolepis belliana CAS Leiosaurus catamarcensis LJA 2047 Lepidophyma flavimaculatum LACM Leptotyphlops humilis SDSU 3939 Lialis burtonis SAM-AR Lichanura trivirgata SDSNH Liolaemus bellii MVZ Liolaemus elongatus LJA 2164 Liotyphlops albirostris SBH Loxocemus bicolor ZA 46400, SDSU 4352 Lycophidion capense FMNH Micrurus fulvius YPM Moloch horridus ABTC Morunasaurus annularis MVZ Naja kaouthia CAS Natrix natrix HCD 1289 Notechis scutatus SAMA R21421 Ophisaurus apodus MVZ Ophisaurus ventralis MCB 9 Oplurus cyclurus UMMZ Pareas hamptoni FMNH Petrosaurus mearnsi TWR 534 Phelsuma lineata RAN Pholidobolus macbrydei KU Phrynocephalus mystaceus CAS Phrynosoma platyrhinos TWR 452 Phyllurus cornutus SAMAR33647 Phymaturus palluma LJA 5806 Physignathus cocincinus MVZ Physignathus (Istiurus) leseurii Q904 Platysaurus pungweensis YPM Plestiodon fasciatus SDSU 3836 Plestiodon skiltonianus JQR 092 Pogona vitticeps ABTC Polychrus marmoratus ATOL 31 Pristidactylus torquatus TWR Pr_t Python molurus UF Rankinia adelaidensis ABTC Rhacodactylus auriculatus ABTC Rhineura floridana CAS Saltaurius cornutus SAMAR33647 Sauromalus obesus TWR 1147 Sceloporus variabilis TWR 245 Scincus scincus YPM 12686

5 Shinisaurus crocodilurus FMNH Sonora semiannulata TNHC Sphenomorphus solomonis AMSR Stenocercus guentheri TWR_St_g Strophurus cilliaris ABTC Takydromus ocellatus FMNH Teius teyou REE 150 Teratoscincus scincus CAS Thamnophis marcianus LSU H0166 Tiliqua scincoides SAM-AR54495 Trachyboa boulengeri UTA Trachylepis quinquetaeniata UMMZ Trapelus agilis CAS Trimorphodon biscutatus SDSU 3944 Trogonophis wiegmanni MVZ Tropidophis haetianus YPM Tropiduris plica BPN 1052 Tupinambis teguixin KU Typhlops jamaicensis TNHC Uma scoparia TWR 902 Ungaliophis continentalis UTA Uranoscodon superciliosus BPN 805 Uromastyx aegyptus SDSU 4353 Uropeltis melanogaster LSUMZ H5794 Urostrophus vautieri LSUMZ H13960 Uta stansburiana TWR 1745 Varanus acanthurus SAMAR Varanus exanthematicus No voucher Varanus salvator CAS Xantusia vigilis RLB 5518 Xenochrophis piscator FMNH Xenodermus javanicus FMNH Xenopeltis unicolor CAS Xenosaurus grandis UTA-R Xenosaurus platyceps MZFC 9561 Zonosaurus ornatus RAN 45119

6 Appendix S2. GenBank numbers for the 44 loci. Note that some sequences were previously published in analyses from our group (e.g. Wiens et al. 2008, 2010; Townsend et al. 2011) and all sequences from Homo, Mus, and Gallus are from GenBank. Taxa lacking data for a given gene are indicated with Species ADNP AHR AKAP9 BACH1 Homo sapiens AK NM_ BC CR Mus musculus BC AF AJ AK Alligator mississippiensis Chelydra serpentina JN Crocodylus porosus JN Dromaius novaehollandiae JN JN JN Gallus gallus XM_ AF AJ XM_ Podocnemis expansa Sphenodon punctatus JF JF JF Tachyglossus aculeatus Acanthosaura lepidogaster JF JF JF JF Acontias meleagris GU JF JF Acrochordus granulatus EU Aeluroscalobates felinus JN JN Afronatrix anoscopus JN EU JN JN Agama agama GU EU JF JF Agkistrodon contortrix JN EU JN Alopoglossus angulatum JN Amphiesma stolata JN EU JN Amphiglossus splendidus JN JN Amphisbaena alba TBA2 TBA2 Amphisbaena fuliginosa GU JN Anelytropsis papilosus JN JN Anilius scytale GU EU JF JF Anniella pulchra GU JN JN Anolis carolinensis GU EU JF JF Anomochilus leonardi Aparallactus werneri JN EU Aspidites melanocephalus JF JN JF JF Aspidoscelis tigris GU EU JF JF Atractaspis irregularis JN JN Azemiops feae JN EU JN Basiliscus basiliscus JF JF JF JF Bipes biporus JN JN JN Bipes canaliculatus GU JN JN Boa constrictor GU EU JF JF Bothrops asper JN EU JN614139

7 Brachylophus fasciatus JF JF JF JF Brachymeles gracilis JN JN Brookesia brygooi JF JF JF JF Calabaria reinhardtii JN EU JN Callopistes maculates JN JN Calotes emma JF JF JF Casarea dussumieri JN EU JN Causus defillippi JN EU JN Celestus enneagrammus GU JN JN JN Chalarodon JF JF JF JF madagascariensis Chamaeleo calyptratus GU JF JF JF Chelosania brunnea JF JF JF JF Chlamydosaurus kingii JF JF JF Coleonyx variegatus JF JF JF JF Colobosaura modesta JN JN Coluber constrictor JN EU JN Cordylosaurus subtesselatus JF JF JF Cordylus mossambicus GU JF JF JF Corytophanes cristatus JF JF JF JF Cricosaura typical JN Crotaphytus collaris JF JF JF JF Ctenophorus isolepis JF JF JF JF Cylindrophis rufus JN EU JF JF Daboia russelli JN EU JN Delma borea GU JN Diadophis punctatus JN JN Dibamus novaeguineae GU JF JF JF Diplometopon zarudnyi JN JN JN Dipsosaurus dorsalis JF JF JF JF Draco blanfordii JF JF JF JF Elgaria multicarinata GU JF JF JF Enyalioides laticeps GU JF JF JF Epicrates striatus JN EU JN Eryx colubrinus JN EU JN Eublepharis macularius GU JN Eugongylus rufescens JN JN JN Eumeces schneideri JN JN Exiliboa placata JN EU JN JN Feylinia polylepis GU JN JN Gambelia wislizenii JF JF JF JF Gekko gecko GU EU JF JF Geocalamus acutus JN JN Gonatodes albogularis GU JN JN JN Heloderma horridum GU JN JN614190

8 Heloderma suspectum GU JF JF JF Heterodon platyrhinos JN EU JN Homalopsis buccata JN EU JN Hydrosaurus sp JF JF JF JF Hypsilurus boydi JF JF JF JF Imantodes cenchoa JN Lacerta viridis GU JF JF Lachesis muta JN EU JN Lampropeltis getula JN EU JN JN Lamprophis fuliginosus JN EU JN Lanthanotus borneensis GU JN JN JN Laticauda colubrina JN EU JN Leiocephalus barahonensis JF JF JF JF Leiolepis belliana JF JN JF JF Leiosaurus catamarcensis JF JF JF JF Lepidophyma flavimaculatum GU JF JF JF Leptotyphlops humilis GU EU JF JF Lialis burtonis GU JN Lichanura trivirgata JF EU JF JF Liolaemus bellii JF JF JF JF Liolaemus elongatus JN JN Liotyphlops albirostris GU EU JN JF Loxocemus bicolor JN EU JN JN Lycophidion capense JN EU JN Micrurus fulvius JN EU JN Moloch horridus JF JF JF JF Morunasaurus annularis JF JF JF Naja kaouthia JN EU JN Natrix natrix JN EU JN JN Notechis scutatus JN EU JN Ophisaurus apodus JN JN Ophisaurus ventralis Oplurus cyclurus GU JF JF JF Pareas hamptoni JN EU JN JN Petrosaurus mearnsi JF JF JF JF Phelsuma lineata JN JN JN Pholidobolus macbrydei GU JF JF JF Phrynocephalus mystaceus JF JF JF JF Phrynosoma platyrhinos JF JF JF JF Phyllurus cornutus JN Phymaturus palluma JF JF JF JF Physignathus cocincinus JF JF JF JF Physignathus_lesueurii JN JF JF JF Platysaurus pungweensis JN JN JN Plestiodon fasciatus JF JF JF JF805879

9 Plestiodon skiltonianus JN JN Pogona vitticeps JF JF JF JF Polychrus marmoratus JF JF JF Pristidactylus torquatus JF JF JF JF Python molurus JN Ctenophorus_adelaidensis JF JF JF Rhacodactylus auriculatus JN Rhineura floridana GU JF Saltaurius cornutus JF JF Sauromalus obesus JF JF JF JF Sceloporus variabilis JF JF JF JF Scincus scincus GU JN Shinisaurus crocodilurus JF JF JF Sonora semiannulata JN EU JN JN Sphenomorphus solomonis JN JN JN JN Stenocercus guentheri JF JF JF JF Strophurus cilliaris GU JN JN Takydromus ocellatus JF JF JF Teius teyou JN JN JN Teratoscincus scincus JN JN JN Thamnophis marcianus JN EU JN Thamnophis sirtalis Tiliqua scincoides JN JN JN JN Trachyboa boulengeri JF EU JF JF Trachylepis quinquetaeniata JN JN JN JN Trapelus agilis JF JF JF Trimorphodon biscutatus JN EU JN Trogonophis wiegmanni GU JF JF Tropidophis haetianus EU JN Tropiduris plica JF JF JF JF Tupinambis teguixin JN JN JN JN Typhlops jamaicensis EU JN Uma scoparia JF JF JF JF Ungaliophis continentalis JN JN Uranoscodon superciliosus JF JF JF JF Uromastyx aegyptus GU JF JF JF Uropeltis melanogaster JF Urostrophus vautieri JF JF JF Uta stansburiana JF JF JF JF Varanus acanthurus GU JN JN JN Varanus exanthematicus GU JF JF JF Varanus salvator GU EU JN JN Xantusia vigilis JN EU JF Xenochrophis piscator EU Xenodermus javanicus JN EU JN614179

10 Xenopeltis unicolor GU EU JN Xenosaurus grandis GU Xenosaurus platycephalus JF EU JF JF Zonosaurus ornatus JN JN JN JN Species BDNF BHLHB2 BMP2 CAND1 Homo sapiens NG_ BC NG_02323 AK Mus musculus EF AK NM_00755 NM_ Alligator mississippiensis JN JN JN Chelydra serpentina JN JN JN Crocodylus porosus JN JN JN Dromaius novaehollandiae JN JN JN Gallus gallus NM_ XM_ NM_ XM_ Podocnemis expansa JN JN JN Sphenodon punctatus GU GU GU Tachyglossus aculeatus JN JN Acanthosaura lepidogaster JF JF JF JF Acontias meleagris GU JF GU GU Acrochordus granulatus EU EU Aeluroscalobates felinus JN JN JN Afronatrix anoscopus EU JN EU JN Agama agama EU JF EU GU Agkistrodon contortrix EU JN EU JN Alopoglossus angulatum HQ JN JN JN Amphiesma stolata EU JN EU JN Amphiglossus splendidus JN JN JN Amphisbaena alba TBA2 Amphisbaena fuliginosa GU JN GU GU Anelytropsis papilosus GU JN JN Anilius scytale EU EU GU Anniella pulchra GU JN GU GU Anolis carolinensis EU JF EU GU Anomochilus leonardi Aparallactus werneri EU JN Aspidites melanocephalus EU JF EU JF Aspidoscelis tigris EU JF EU GU Atractaspis irregularis JN EU JN Azemiops feae EU EU JN Basiliscus basiliscus JF JF JF JF818550

11 Bipes biporus JN JN JN Bipes canaliculatus GU GU Boa constrictor EU JF EU GU Bothrops asper EU JN EU JN Brachylophus fasciatus JF JF JF JF Brachymeles gracilis JN JN JN JN Brookesia brygooi JF JF JF JF Calabaria reinhardtii EU JN EU JN Callopistes maculates JN JN JN Calotes emma JF JF JF JF Casarea dussumieri EU EU Causus defillippi EU JN EU JN Celestus enneagrammus GU JN GU GU Chalarodon JF JF JF JF madagascariensis Chamaeleo calyptratus GU JF GU GU Chelosania brunnea JF JF JF Chlamydosaurus kingii JF JF JF JF Coleonyx variegatus HQ JF JF JF Colobosaura modesta JN JN Coluber constrictor EU EU JN Cordylosaurus subtesselatus HQ JF JF JF Cordylus mossambicus GU JF GU GU Corytophanes cristatus JF JF JF Cricosaura typical JN Crotaphytus collaris JF JF JF JF Ctenophorus isolepis JF JF JF JF Cylindrophis rufus EU EU JF Daboia russelli EU JN EU JN Delma borea GU JN GU GU Diadophis punctatus EU EU JN Dibamus novaeguineae GU JF GU GU Diplometopon zarudnyi JN JN JN Dipsosaurus dorsalis GQ JF JF JF Draco blanfordii JF JF JF JF Elgaria multicarinata GU JF GU GU Enyalioides laticeps GU JF GU GU Epicrates striatus EU JN EU JN Eryx colubrinus EU EU JN Eublepharis macularius GU GU GU Eugongylus rufescens JN JN JN Eumeces schneideri JN Exiliboa placata EU EU JN Feylinia polylepis GU JN GU Gambelia wislizenii HQ JF JF JF818553

12 Gekko gecko EU JF EU GU Geocalamus acutus JN JN JN Gonatodes albogularis GU JN GU GU Heloderma horridum GU JN JN GU Heloderma suspectum EU JF GU GU Heterodon platyrhinos EU EU JN Homalopsis buccata EU JN EU Hydrosaurus sp JF JF JF JF Hypsilurus boydi JF JF JF JF Imantodes cenchoa EU EU JN Lacerta viridis GU GU GU Lachesis muta EU JN EU JN Lampropeltis getula EU EU JN Lamprophis fuliginosus EU JN EU JN Lanthanotus borneensis GU GU GU Laticauda colubrina EU EU JN Leiocephalus barahonensis HQ JF JF JF Leiolepis belliana HQ JF JF JF Leiosaurus catamarcensis JF JF JF JF Lepidophyma flavimaculatum GU JF GU GU Leptotyphlops humilis GU JF EU GU Lialis burtonis GU GU GU Lichanura trivirgata EU JF EU JF Liolaemus bellii HQ JF JF JF Liolaemus elongatus JN Liotyphlops albirostris EU JN EU GU Loxocemus bicolor EU JN EU JN Lycophidion capense EU JN EU JN Micrurus fulvius EU JN EU JN Moloch horridus JF JF JF JF Morunasaurus annularis HQ JF JF JF Naja kaouthia EU JN EU JN Natrix natrix EU JN EU JN Notechis scutatus EU JN EU JN Ophisaurus apodus GU JN GU Ophisaurus ventralis Oplurus cyclurus GU JF GU GU Pareas hamptoni EU JN EU Petrosaurus mearnsi HQ JF JF JF Phelsuma lineata HQ Pholidobolus macbrydei GU JF GU GU Phrynocephalus mystaceus JF JF JF JF Phrynosoma platyrhinos JF JF JF JF Phyllurus cornutus TBA2 Phymaturus palluma JF JF JF JF818562

13 Physignathus cocincinus HQ JF JF JF Physignathus_leseuri JF JF JF Platysaurus pungweensis JN JN JN JN Plestiodon fasciatus HQ JF JF JF Plestiodon skiltonianus JN Pogona vitticeps JF JF JF JF Polychrus marmoratus HQ JF JF JF Pristidactylus torquatus JF JF JF JF Python molurus EU EU JN Rankinia_adelaidensis JF JF JF JF Rhacodactylus auriculatus HQ JN JN Rhineura floridana GU GU GU Saltuarius cornutus HQ JF JF JF Sauromalus obesus JF JF JF JF Sceloporus variabilis JF JF JF JF Scincus scincus GU JN GU Shinisaurus crocodilurus GU JF GU GU Sonora semiannulata EU EU JN Sphenomorphus solomonis JN JN JN JN Stenocercus guentheri HQ JF JF JF Strophurus cilliaris GU JN GU GU Takydromus ocellatus HQ JN JF Teius teyou JN JN JN Teratoscincus scincus HQ JF JN JN Thamnophis marcianus EU JN EU JN Thamnophis sirtalis Tiliqua scincoides JN JN JN Trachyboa boulengeri EU EU JF Trachylepis quinquetaeniata JN JN JN Trapelus agilis JF JF JF JF Trimorphodon biscutatus EU EU JN Trogonophis wiegmanni GU JF GU GU Tropidophis haetianus JN EU Tropiduris plica JF JF JF JF Tupinambis teguixin JN JN JN JN Typhlops jamaicensis EU EU GU Uma scoparia JF JF JF JF Ungaliophis continentalis EU EU JN Uranoscodon superciliosus JF JF JF JF Uromastyx aegyptus GU JF GU GU Uropeltis melanogaster TBA2 Urostrophus vautieri HQ JF JF JF Uta stansburiana JF JF JF JF Varanus acanthurus GU JN GU GU Varanus exanthematicus GU JF GU GU432609

14 Varanus salvator EU JN EU GU Xantusia vigilis EU JF EU JF Xenochrophis piscator EU JN EU JN Xenodermus javanicus EU JN EU JN Xenopeltis unicolor EU JN EU GU Xenosaurus grandis GU GU GU Xenosaurus platycephalus EU JF EU JF Zonosaurus ornatus JN JN JN JN Species CARD4 CILP CXCR4 DLL1 Homo sapiens AY AY AY NG_ Mus musculus AY XM_00147 NM_ AY Alligator mississippiensis JN JN JN Chelydra serpentina JN JN Crocodylus porosus JN JN JN JN Dromaius novaehollandiae JN JN JN JN Gallus gallus XM_41390 AF NM_ XM_ Podocnemis expansa JN Sphenodon punctatus JN JN GU Tachyglossus aculeatus JN TBA2 Acanthosaura lepidogaster JN JN JN Acontias meleagris JN JN JN GU Acrochordus granulatus JN Aeluroscalobates felinus JN JN JN Afronatrix anoscopus JN JN JN JN Agama agama JN JN JN GU Agkistrodon contortrix JN JN JN JN Alopoglossus angulatum JN JN JN JN Amphiesma stolata JN JN JN JN Amphiglossus splendidus JN JN JN JN Amphisbaena alba TBA2 Amphisbaena fuliginosa JN JN JN GU Anelytropsis papilosus JN JN JN Anilius scytale JN JN JN GU Anniella pulchra JN JN JN GU Anolis carolinensis JN JN JN GU Anomochilus leonardi Aparallactus werneri JN JN JN JN Aspidites melanocephalus JN JN JN880491

15 Aspidoscelis tigris JN JN JN GU Atractaspis irregularis JN JN JN JN Azemiops feae JN JN JN JN Basiliscus basiliscus JN JN JN JN Bipes biporus JN JN JN JN Bipes canaliculatus JN JN JN GU Boa constrictor JN JN JN GU Bothrops asper JN JN JN JN Brachylophus fasciatus JN JN JN JN Brachymeles gracilis JN JN JN JN Brookesia brygooi JN JN JN Calabaria reinhardtii JN JN JN JN Callopistes maculates JN JN JN JN Calotes emma JN JN JN JN Casarea dussumieri JN JN JN JN Causus defillippi JN JN JN JN Celestus enneagrammus JN JN GU Chalarodon JN madagascariensis JN JN JN Chamaeleo calyptratus JN JN JN GU Chelosania brunnea JN JN JN Chlamydosaurus kingii JN JN JN Coleonyx variegatus JN JN JN JN Colobosaura modesta JN JN JN Coluber constrictor JN JN JN JN Cordylosaurus subtesselatus JN JN JN JN Cordylus mossambicus JN JN JN Corytophanes cristatus JN JN JN JN Cricosaura typical JN JN JN Crotaphytus collaris JN JN JN JN Ctenophorus isolepis JN JN JN Cylindrophis rufus JN JN JN Daboia russelli JN JN JN JN Delma borea JN JN JN GU Diadophis punctatus JN JN JN JN Dibamus novaeguineae JN JN JN GU Diplometopon zarudnyi JN JN JN JN Dipsosaurus dorsalis JN JN JN JN Draco blanfordii JN JN JN Elgaria multicarinata JN JN JN GU Enyalioides laticeps JN JN JN GU Epicrates striatus JN JN JN JN Eryx colubrinus JN JN JN JN Eublepharis macularius JN JN JN GU Eugongylus rufescens JN JN JN JN880518

16 Eumeces schneideri JN Exiliboa placata JN JN JN Feylinia polylepis JN JN JN GU Gambelia wislizenii JN JN JN JN Gekko gecko JN JN JN GU Geocalamus acutus JN JN Gonatodes albogularis JN JN JN GU Heloderma horridum GU Heloderma suspectum JN JN JN GU Heterodon platyrhinos JN JN JN JN Homalopsis buccata JN Hydrosaurus sp JN JN JN JN Hypsilurus boydi JN JN JN Imantodes cenchoa JN JN JN JN Lacerta viridis JN JN JN GU Lachesis muta JN JN JN JN Lampropeltis getula JN JN JN JN Lamprophis fuliginosus JN JN JN JN Lanthanotus borneensis JN JN GU Laticauda colubrina JN JN JN Leiocephalus barahonensis JN JN JN JN Leiolepis belliana JN JN JN JN Leiosaurus catamarcensis JN JN JN JN Lepidophyma flavimaculatum JN JN JN GU Leptotyphlops humilis JN JN JN GU Lialis burtonis JN JN JN JN Lichanura trivirgata JN JN JN JN Liolaemus bellii JN JN JN JN Liolaemus elongatus JN JN JN JN Liotyphlops albirostris JN JN JN GU Loxocemus bicolor JN JN JN JN Lycophidion capense JN JN JN JN Micrurus fulvius JN JN JN JN Moloch horridus JN JN JN Morunasaurus annularis JN JN JN JN Naja kaouthia JN JN JN JN Natrix natrix JN JN JN JN Notechis scutatus JN JN JN JN Ophisaurus apodus JN JN JN Ophisaurus ventralis Oplurus cyclurus JN JN JN GU Pareas hamptoni JN JN JN JN Petrosaurus mearnsi JN JN JN JN Phelsuma lineata JN JN JN Pholidobolus macbrydei JN JN JN702324

17 Phrynocephalus mystaceus JN JN Phrynosoma platyrhinos JN JN JN JN Phyllurus cornutus JN JN JN Phymaturus palluma JN JN JN JN Physignathus cocincinus JN JN JN JN Physignathus_leseuri JN JN JN Platysaurus pungweensis JN JN JN JN Plestiodon fasciatus JN JN JN JN Plestiodon skiltonianus JN Pogona vitticeps JN JN JN JN Polychrus marmoratus JN JN JN JN Pristidactylus torquatus JN JN JN JN Python molurus JN JN Rankinia_adelaidensis JN JN JN Rhacodactylus auriculatus JN JN JN JN Rhineura floridana JN JN JN GU Saltaurius cornutus TBA2 Sauromalus obesus JN JN JN JN Sceloporus variabilis JN JN JN JN Scincus scincus JN JN Shinisaurus crocodilurus JN JN GU Sonora semiannulata JN JN JN JN Sphenomorphus solomonis JN JN JN JN Stenocercus guentheri JN JN JN JN Strophurus cilliaris JN JN Takydromus ocellatus JN JN JN JN Teius teyou JN JN JN JN Teratoscincus scincus JN JN JN JN Thamnophis marcianus JN JN JN JN Thamnophis sirtalis Tiliqua scincoides JN JN JN JN Trachyboa boulengeri JN JN JN JN Trachylepis quinquetaeniata JN JN JN JN Trapelus agilis JN JN Trimorphodon biscutatus JN JN JN JN Trogonophis wiegmanni JN JN JN Tropidophis haetianus JN JN Tropiduris plica JN JN JN JN Tupinambis teguixin JN JN JN JN Typhlops jamaicensis JN JN JN GU Uma scoparia JN JN JN JN Ungaliophis continentalis JN JN JN Uranoscodon superciliosus JN JN JN JN Uromastyx aegyptus JN JN GU Uropeltis melanogaster JN JN702204

18 Urostrophus vautieri JN JN JN JN Uta stansburiana JN JN JN JN Varanus acanthurus JN JN JN GU Varanus exanthematicus JN JN JN GU Varanus salvator JN JN JN Xantusia vigilis JN JN JN JN Xenochrophis piscator JN JN JN TBA2 Xenodermus javanicus JN JN JN JN Xenopeltis unicolor JN JN JN GU Xenosaurus grandis JN JN JN Xenosaurus platycephalus JN JN JN JN Zonosaurus ornatus JN JN JN JN Species ECEL ENC1 FSHR FSTL5 Homo sapiens NM_00363 NM NM NM Mus musculus AC NM_00793 AF NM Alligator mississippiensis JN JN JN JN Chelydra serpentina JN JN JN Crocodylus porosus JN JN JN Dromaius novaehollandiae JN JN JN Gallus gallus XM XM_ XM NM Podocnemis expansa JN JN Sphenodon punctatus GU GU GU GU Tachyglossus aculeatus Acanthosaura lepidogaster JF JF Acontias meleagris GU GU GU Acrochordus granulatus EU EU Aeluroscalobates felinus JN JN Afronatrix anoscopus EU JN EU EU Agama agama EU GU EU EU Agkistrodon contortrix JN EU Alopoglossus angulatum JN JN JN JN Amphiesma stolata JN EU Amphiglossus splendidus JN JN JN JN Amphisbaena alba GU Amphisbaena fuliginosa GU GU GU GU457965

19 Anelytropsis papilosus GU Anilius scytale EU GU EU EU Anniella pulchra GU GU GU GU Anolis carolinensis EU GU EU EU Aparallactus werneri EU JN EU EU Aspidites melanocephalus EU JF EU EU Aspidoscelis tigris EU GU EU EU Atractaspis irregularis JN JN Azemiops feae EU JN EU EU Basiliscus basiliscus JN JF JF JF Bipes biporus JN JN JN JN Bipes canaliculatus GU GU GU GU Boa constrictor EU GU EU EU Bothrops asper EU JN EU EU Brachylophus fasciatus JN JF JF JF Brachymeles gracilis JN JN JN JN Brookesia brygooi JN JF JF JF Calabaria reinhardtii EU JN EU EU Callopistes maculates JN JN JN JN Calotes emma JN JF JF JF Casarea dussumieri EU JN EU EU Causus defillippi EU JN EU EU Celestus enneagrammus GU GU GU Chalarodon JF JF madagascariensis JF Chamaeleo calyptratus GU GU GU GU Chelosania brunnea JF JF JF Chlamydosaurus kingii JF JF JF Coleonyx variegatus JN JF JF JF Colobosaura modesta JN JN JN JN Coluber constrictor JN EU EU Cordylosaurus subtesselatus JN JF JF JF Cordylus mossambicus GU GU GU GU Corytophanes cristatus JN JF JF JF Cricosaura typical JN JN JN Crotaphytus collaris JN JF JF JF Ctenophorus isolepis JF JF JF Cylindrophis rufus EU EU EU Daboia russelli EU JN EU EU Delma borea GU GU GU GU Diadophis punctatus JN EU EU Dibamus novaeguineae GU GU GU GU Diplometopon zarudnyi JN JN JN JN Dipsosaurus dorsalis JN JF GU JF Draco blanfordii JF JF JF806121

20 Elgaria multicarinata GU GU GU GU Enyalioides laticeps GU GU GU GU Epicrates striatus EU JN EU EU Eryx colubrinus JN EU EU Eublepharis macularius GU GU GU GU Eugongylus rufescens JN JN JN JN Eumeces schneideri JN JN Exiliboa placata EU JN EU EU Feylinia polylepis GU GU GU Gambelia wislizenii JN JF JF JF Gekko gecko EU GU EU EU Geocalamus acutus JN JN JN JN Gonatodes albogularis GU GU GU GU Heloderma horridum GU GU GU Heloderma suspectum GU GU GU GU Heterodon platyrhinos EU JN EU EU Homalopsis buccata JN EU EU Hydrosaurus sp JN JF JF JF Hypsilurus boydi JF JF JF Imantodes cenchoa EU JN JN EU Lacerta viridis GU GU GU GU Lachesis muta EU JN JN EU Lampropeltis getula EU JN EU EU Lamprophis fuliginosus EU JN EU EU Lanthanotus borneensis GU GU GU GU Laticauda colubrina EU JN EU EU Leiocephalus barahonensis JN JF JF JF Leiolepis belliana JN JF JF JF Leiosaurus catamarcensis JN JF JF JF Lepidophyma flavimaculatum GU GU GU GU Leptotyphlops humilis EU GU EU EU Lialis burtonis GU GU GU GU Lichanura trivirgata EU JF EU Liolaemus bellii JN JF JF JF Liolaemus elongatus JN JN JN JN Liotyphlops albirostris EU GU GU EU Loxocemus bicolor EU JN EU EU Lycophidion capense JN EU EU Micrurus fulvius EU JN EU EU Moloch horridus JF JF Morunasaurus annularis JF GU JF Naja kaouthia EU JN EU EU Natrix natrix EU JN EU EU Notechis scutatus EU JN EU EU Ophisaurus apodus GU GU GU457944

21 Ophisaurus ventralis Oplurus cyclurus GU GU GU GU Pareas hamptoni JN EU Petrosaurus mearnsi JN JF JF JF Phelsuma lineata JN JN Pholidobolus macbrydei GU GU GU GU Phrynocephalus mystaceus JF JF JF Phrynosoma platyrhinos JN JF JF JF Phyllurus cornutus TBA2 JN Phymaturus palluma JN JF JF JF Physignathus cocincinus JF JF JF Physignathus_leseuri JF JF JF Platysaurus pungweensis JN JN JN JN Plestiodon fasciatus JN JF JF JF Plestiodon skiltonianus JN JN Pogona vitticeps JN JF JF JF Polychrus marmoratus JN JF JF JF Pristidactylus torquatus JN JF JF JF Python molurus EU TBA2 JN EU Rankinia_adelaidensis JF JF JF Rhacodactylus auriculatus JN JN JN JN Rhineura floridana GU GU GU GU Saltaurius cornutus JN JF JF JF Sauromalus obesus JN JF JF JF Sceloporus variabilis JN JF JF JF Scincus scincus GU GU GU GU Shinisaurus crocodilurus GU GU GU GU Sonora semiannulata EU JN EU EU Sphenomorphus solomonis JN JN JN JN Stenocercus guentheri JN JF JF JF Strophurus cilliaris GU GU GU GU Takydromus ocellatus JN JF JF JF Teius teyou JN JN JN JN Teratoscincus scincus JN JN JN JN Thamnophis marcianus EU JN EU Thamnophis sirtalis Tiliqua scincoides JN JN JN JN Trachyboa boulengeri EU JF EU EU Trachylepis quinquetaeniata JN JN JN JN Trapelus agilis JF JF JF Trimorphodon biscutatus JN EU EU Trogonophis wiegmanni GU GU GU GU Tropidophis haetianus EU JN EU EU Tropiduris plica JN JF JF JF Tupinambis teguixin JN JN JN JN654848

22 Typhlops jamaicensis EU GU EU Uma scoparia GQ JF JF JF Ungaliophis continentalis EU Uranoscodon superciliosus JN JF JF JF Uromastyx aegyptus GU GU Uropeltis melanogaster EU EU Urostrophus vautieri JN JF JF JF Uta stansburiana JN JF JF JF Varanus acanthurus GU GU GU GU Varanus exanthematicus GU GU GU JF Varanus salvator EU GU EU EU Xantusia vigilis EU JF EU EU Xenochrophis piscator EU JN EU EU Xenodermus javanicus EU JN EU EU Xenopeltis unicolor EU GU EU EU Xenosaurus grandis GU GU GU GU Xenosaurus platycephalus EU JF EU EU Zonosaurus ornatus JN JN JN JN Species GPR35 GPR37 GALR1 /GHSR HLCS Homo sapiens TBA2 NM AB Mus musculus TBA2 AJ AB Alligator mississippiensis --- JN Chelydra serpentina JN JN Crocodylus porosus --- JN Dromaius novaehollandiae JN JN JN Gallus gallus TBA2 NM XM_ XM Podocnemis expansa --- JN Sphenodon punctatus JN JN Tachyglossus aculeatus JN Acanthosaura lepidogaster JN JF JN Acontias meleagris JN JN GU JN Acrochordus granulatus JN JN Aeluroscalobates felinus JN JN JN Afronatrix anoscopus JN JN JN Agama agama JN JN EU JN Agkistrodon contortrix JN JN EU JN Alopoglossus angulatum JN JN JN Amphiesma stolata JN JN JN Amphiglossus splendidus JN JN JN JN Amphisbaena alba --- Amphisbaena fuliginosa JN GU JN702619

23 Anelytropsis papilosus JN JN JN Anilius scytale JN JN EU JN Anniella pulchra JN JN GU JN Anolis carolinensis JN JN EU JN Anomochilus leonardi --- Aparallactus werneri JN JN EU JN Aspidites melanocephalus JN JN EU JN Aspidoscelis tigris EU Atractaspis irregularis JN JN EU JN Azemiops feae JN JN EU JN Basiliscus basiliscus JN JN JF JN Bipes biporus JN TBA2 JN JN Bipes canaliculatus JN TBA2 GU JN Boa constrictor JN JN EU JN Bothrops asper JN JN EU JN Brachylophus fasciatus JN JN JF JN Brachymeles gracilis JN JN JN JN Brookesia brygooi JN JN JF JN Calabaria reinhardtii JN JN EU JN Callopistes maculates JN JN JN Calotes emma JN JN JN Casarea dussumieri JN JN EU JN Causus defillippi JN JN EU JN Celestus enneagrammus JN JN GU JN Chalarodon JN JF madagascariensis JN JN Chamaeleo calyptratus JN JN GU JN Chelosania brunnea JF JN Chlamydosaurus kingii JN JF Coleonyx variegatus JN JN JF JN Colobosaura modesta JN JN Coluber constrictor JN JN EU JN Cordylosaurus subtesselatus JN JN JN JN Cordylus mossambicus JN GU JN Corytophanes cristatus JN JN JF JN Cricosaura typica JN JN Crotaphytus collaris JN JN JF JN Ctenophorus isolepis JN JF JN Cylindrophis rufus JN EU Daboia russelli JN JN EU JN Delma borea JN JN JN Diadophis punctatus JN JN JN Dibamus novaeguineae JN JN Diplometopon zarudnyi JN JN JN Dipsosaurus dorsalis JN JN JF JN702696

24 Draco blanfordii JN JF JN Elgaria multicarinata JN JN GU JN Enyalioides laticeps JN JN GU JN Epicrates striatus JN EU JN Eryx colubrinus JN JN EU JN Eublepharis macularius JN JN GU JN Eugongylus rufescens JN JN JN Eumeces schneideri JN JN Exiliboa placata JN JN Feylinia polylepis JN JN GU JN Gambelia wislizenii JN JN JN Gekko gecko JN JN EU JN Geocalamus acutus JN JN JN Gonatodes albogularis JN JN Heloderma horridum JN JN Heloderma suspectum JN JN GU JN Heterodon platyrhinos JN JN JN Homalopsis buccata JN EU Hydrosaurus sp JN JN JF JN Hypsilurus boydi JF JN Imantodes cenchoa JN JN EU JN Lacerta viridis JN JN GU JN Lachesis muta JN JN EU JN Lampropeltis getula JN JN EU JN Lamprophis fuliginosus JN JN EU JN Lanthanotus borneensis JN JN GU JN Laticauda colubrina JN JN EU JN Leiocephalus barahonensis JN JN JN Leiolepis belliana JN JN JF JN Leiosaurus catamarcensis JN JN JF JN Lepidophyma flavimaculatum JN GU JN Leptotyphlops humilis JN JN Lialis burtonis JN GU JN Lichanura trivirgata JN Liolaemus bellii JN JN JF JN Liolaemus elongatus JN JN JN Liotyphlops albirostris JN JN EU JN Loxocemus bicolor JN JN EU JN Lycophidion capense JN JN EU JN Micrurus fulvius JN JN EU JN Moloch horridus JF JN Morunasaurus annularis JN JN JN Naja kaouthia JN JN EU JN Natrix natrix JN JN EU JN Notechis scutatus JN JN EU JN702675

25 Ophisaurus apodus JN GU JN Ophisaurus ventralis Oplurus cyclurus JN JN GU JN Pareas hamptoni JN JN EU JN Petrosaurus mearnsi JN JN JF JN Phelsuma lineata JN JN Pholidobolus macbrydei JN GU Phrynocephalus mystaceus JN JN Phrynosoma platyrhinos JN JN JF JN Phyllurus cornutus JN JN JN Phymaturus palluma JN JN JF JN Physignathus cocincinus JN JN JF JN Physignathus_leseuri JN JF JN Platysaurus pungweensis JN JN JN JN Plestiodon fasciatus JN JN JN JN Plestiodon skiltonianus JN JN Pogona vitticeps JN JN JF Polychrus marmoratus JN JF JN Pristidactylus torquatus JN JN JF JN Python molurus JN EU JN Rankinia_adelaidensis JF JN Rhacodactylus auriculatus JN JN JN JN Rhineura floridana JN JN GU JN Saltaurius cornutus JN Sauromalus obesus JN JN JF JN Sceloporus variabilis JN JN JF JN Scincus scincus JN GU JN Shinisaurus crocodilurus JN JN Sonora semiannulata JN JN EU JN Sphenomorphus solomonis JN JN JN Stenocercus guentheri JN JN JF JN Strophurus cilliaris JN GU JN Takydromus ocellatus JN JN JN JN Teius teyou JN JN JN Teratoscincus scincus JN TBA2 JN JN Thamnophis marcianus JN JN EU JN Thamnophis sirtalis --- Tiliqua scincoides JN JN JN JN Trachyboa boulengeri JN JN EU JN Trachylepis quinquetaeniata JN JN JN Trapelus agilis JN JF JN Trimorphodon biscutatus JN JN EU JN Trogonophis wiegmanni JN GU JN Tropidophis haetianus JN JN EU Tropiduris plica JN JN JF JN702726

Appendix from B. P. Noonan and P. T. Chippindale, Vicariant Origin of Malagasy Reptiles Supports Late Cretaceous Antarctic Land Bridge

2006 by The University of Chicago. All rights reserved. Appendix from B. P. Noonan and P. T. Chippindale, Vicariant Origin of Malagasy Reptiles Supports Late Cretaceous Antarctic Land Bridge (Am. Nat.,